위원회는 위원장 및 부위원장 각 1명을 포함한 15명 이내의 위원으로 구성하되, 공무원인 위원은 전체위원의 4분의 1을 초과하지 아니하여야 한다.

위원은 공무원인 위원과 민간위원으로 구성하며, 공무원인 위원은 지방보조금 총괄업무 담당 실·국장, 행정자치업무 담당 국장, 복지업무 담당 국장으로 한다.

민간위원은 다음 각 호의 사람 중에서 시장이 위촉하며, 「양성평등기본법」 제21조제2항을 따른다.

위원장은 민간위원 중에서 호선하고, 부위원장은 지방보조금 총괄업무 담당 실·국장이 된다.

위원은 심의의 공정성을 도모하기 위하여 본인과 직접적 이해관계가 있는 안건의 심의·의결에는 참여할 수 없다.

위원은 본인 또는 관계인의 요청에 따라 심의·의결에서 제외될 수 있다. 이 경우 위원회는 해당 위원의 심의·의결 제외여부를 의결로 결정하여야 한다.

공무원인 위원이 부득이한 사유로 위원회에 출석하지 못하는 경우에는 직무를 대리하는 직위에 있는 사람이 대리하여 출석할 수 있으며, 대리 출석한 공무원은 위원회에서 발언하고 표결에 참여할 수 있다.

위원회의 회의는 재적위원 과반수의 출석으로 개의하고, 출석위원 과반수의 찬성으로 의결한다.

위원회의 사무 처리를 위하여 간사 1명을 두되, 간사는 지방보조금 총괄 업무 담당 과장이 된다.

간사는 다음 각 호의 사항을 기재한 회의록을 작성·관리하여야 한다. 다만, 서면심의로 대체한 경우에는 회의록 작성을 생략할 수 있다.

위원회의 업무를 효율적으로 수행하기 위하여 필요한 경우에는 분야별로 분과위원회를 둘 수 있다.

분과위원회의 설치 및 운영에 관하여 필요한 사항은 위원회의 의결을 거쳐 위원장이 정한다.

법 제36조의3제1항 및 「지방자치단체 보조금 관리에 관한 법률 시행령」(이하 "시행령"이라 한다) 제21조의2에 따른 법령 등 위반 행위에 대한 신고 접수, 포상금 신청서의 접수 및 포상금의 지급은 지방보조금 업무 총괄부서에서 한다.

사실 확인 및 지방보조사업자의 법령 등 위반행위 여부에 대한 조사와 그 결과에 따른 보조금 교부결정 취소 또는 반환명령에 대한 처리는 사업부서에서 한다.

법 제36조의3제1항에도 불구하고 동일한 법령 위반 등에 대해 2명 이상이 신고 또는 고발하고 포상금 지급을 신청한 경우에는 해당 위반행위 입증에 필요한 증거자료를 최초로 시장이나 수사기관에 제출한 자에게 포상금을 지급할 수 있다.

시장은 위원회의 심의를 거쳐 포상금 지급 여부 및 지급 금액 등을 결정하고 포상금 지급대상자에게 통지하여야 한다.

시장은 지급된 포상금이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사실이 발견된 경우에는 포상금의 전부 또는 일부를 환수하여야 한다.

포상금 지급에 관여한 심의위원 또는 공무원은 신고 또는 고발한 자의 신원 또는 신고내용 등에 관하여 비밀을 유지하여야 한다.

시장은 신고포상금 지급과 관련하여 신고인등의 신분, 신고내용 등이 외부에 공개된 경우에는 관련 사실을 조사하여 필요한 조치를 할 수 있다.