기후에너지환경부장관은 법 제5조의 규정에 의하여 특정도서보전기본계획(이하 "기본계획"이라 한다)을 수립하고자 하는 경우에는 법 제6조제1항의 규정에 의한 무인도서등의 자연생태계등에 대한 기초조사 결과를 기초로 하되, 해당 광역시장 또는 도지사(이하 "시ㆍ도지사"라 한다)의 의견을 들어야 한다. <개정 2004.6.25, 2025.10.1>

기후에너지환경부장관은 기본계획이 확정된 때에는 지체없이 관계중앙행정기관의 장 및 시ㆍ도지사에게 그 사실을 통보하여야 하며, 통보를 받은 관계중앙행정기관의 장 및 시ㆍ도지사는 기본계획의 시행을 위하여 필요한 조치를 하여야 한다. <개정 2025.10.1>

법 제6조의 규정에 의한 무인도서등의 자연생태계등에 대한 조사(이하 이 조에서 "조사"라 한다)의 내용은 다음 각호와 같다. <개정 2004.6.25, 2025.10.1>

조사는 법 제6조의2에 따른 도서조사원(이하 "조사원"이라 한다)이 현지조사를 하여야 한다. 다만, 법 제6조제3항에 따른 조사의 경우에는 조사원이 아닌 자가 현지조사를 할 수 있다. <개정 2007.11.15>

제2항에도 불구하고 천재지변, 그 밖의 부득이한 사유로 현지조사가 불가능한 경우에는 항공기 또는 인공위성 등을 통한 원격탐사방법이나 탐문ㆍ자료ㆍ문헌 등을 통한 간접조사에 의할 수 있다. <신설 2007.11.15>

기후에너지환경부장관은 조사원이 조사를 원활히 수행할 수 있도록 하기 위하여 관계중앙행정기관의 장 및 시ㆍ도지사에게 다음 각 호의 사항을 요청할 수 있으며, 요청을 받은 관계중앙행정기관의 장 및 시ㆍ도지사는 특별한 사유가 없는 한 이에 협조하여야 한다. <개정 2004.6.25, 2007.11.15, 2025.10.1>

기후에너지환경부장관은 조사개시일 10일전까지 기후에너지환경부령이 정하는 사항이 포함된 조사계획을 수립하여 관계행정기관의 장 및 시ㆍ도지사에게 통보하여야 한다. <개정 2007.11.15, 2025.10.1>

법 제12조의2의 규정에 따라 특정도서의 자연생태계 등을 보전하기 위하여 필요한 지역에서의 토지ㆍ건축물 그 밖의 물건(이하 "토지등"이라 한다)의 소유자가 토지등을 기후에너지환경부장관에게 매도하고자 하는 때에는 다음 각호의 서류를 기후에너지환경부장관에게 제출하여야 한다. 이 경우 기후에너지환경부장관은 「전자정부법」 제36조제1항에 따른 행정정보의 공동이용을 통하여 토지등의 등기부 등본을 확인하여야 한다. <개정 2010.11.2, 2025.10.1>

기후에너지환경부장관은 제1항의 규정에 따라 토지등의 매수신청을 받은 때에는 당해 연도 예산의 범위 안에서 매수여부를 결정하여 이를 당해 토지등의 소유자에게 통보하여야 한다. 이 경우 토지등의 매수를 결정한 때에는 법 제12조의2의 규정에 의하여 산정한 매수가격도 함께 통보하여야 한다. <개정 2025.10.1>

기후에너지환경부장관은 법 제13조의 규정에 의하여 다음 각호의 권한을 시ㆍ도지사에게 위임한다. <개정 2004.6.25, 2025.10.1>

기후에너지환경부장관은 법 제13조에 따라 다음 각 호의 권한을 유역환경청장 또는 지방환경청장(이하 "지방환경관서의 장"이라 한다)에게 위임한다. <개정 2002.8.8, 2007.11.15, 2025.10.1>