의료급여법시행령 제16조에 따라 기금운용관은 군의 복지정책과장, 기금출납원은 군의 의료급여기금특별회계 담당주사로 한다. <개정 1989. 9. 11. 1 996. 1 2. 31, 1998. 9. 30, 2007. 6. 25, 2012.11.02, 2018.10.22.,2021.10.1.,2024.1.1>

군수는 필요하다고 인정할때에는 제1항에 따른 회계관계공무원의 사무의 전부를 대리하거나 그 일부를 분담하게 하기 위하여 대리 또는 분임회계기관을 둘 수 있다.<개정 2012.11.02>

기금운용관이 수입금을 수납하고자 할 때에는 미리 수입액을 조사 결정하여 납입자에게 납입의 고지를 하여야 한다.

제1항의 규정에 따른 납입고지는 별지 제1호서식에 의하여 납입의 과목·금액·기일 및 장소를 기재하여야 한다.

수입금을 수납할 기관은 납입자에게 영수증을 교부하고 지체없이 기금운용관에게 영수보고서를 송부하여야 한다.

기금운용관은 보호대상자에게 의료급여를 행한 의료급여 진료기관의 장이 의료급여비를 청구한 때에는 그 진료비청구명세서를 검토 조정하여 기금 부담액과 대불금을 구분 결정, 의료급여 대불금상환장에 기재하고 대불금상환 의무자에게는 제5조제2항에 따른 납입고지서를, 기금출납원에게는 지출원인행위 관계서류를 송부하여야 한다. <개정 1993. 8. 11,2012.11.02>

제1항의 규정에 따라 지출원인행위 관계서류를 송부받은 기금출납원은 해당 군금고에 대하여 지급명령을 발하여야 한다.