「의료급여법 시행령」 제16조의 규정에 의한 기금운용관은 군 사회복지과장으로 하고, 기금출납원은 군 의료급여기금 업무 담당주사로 한다. (개정 1996.2.13, 1997.6.27, 1998.10.17, 2002.11.1,2007.4.23, 2007.12.31, 2012.12.28, 2015.1 .20)

군수는 필요하다고 인정할 때에는 제1항의 규정에 의한 기금관리 공무원의 사무의 전부를 대리하거나 그 일부를 분담하게 하기 위하여 대리 또는 분임회계기관을 둘 수 있다.(개정'97.6.27)

기금운용관이 수입금을 수납하고자 할 때에는 미리 수납액을 조사 결정하여 납입자에게 납입의 고지를 하여야 한다.

제1항의 규정에 의한 납입고지는 별지 제1호서식에 의하여 납입의 과목, 금액 기일 및 장소를 기재하여야 한다.

수입금을 수납한 기관은 납입자에게 영수증을 교부하고 지체없이 기금운용관에게 영수보고서를 송부하여야 한다.

기금운용관은 급여대상자에게 의료급여를 행한 의료급여진료기관의 장이 의료급여비를 청구할 때에는 그 청구내용을 검토 조정하여 회계 부담액과 대불금을 구분 결정한 후 그중 대불금은 대불금 상환대장에 기재하고 대불금 상환의무자에게는 제5조제2항의 규정에 의한 납입고지서를, 기금출납원에게는 지출원인행위 관계서류를 송부하여야 한다.

제1항의 규정에 의하여 지출원인행위 관계서류를 송부받은 기금출납원은 군 금고에 대하여 지급명령을 발하여야 한다.(개정 1997.6.27)