마을버스의 운행노선은 시행규칙 제7조 제4항 각호의 마을 등을 기점 또는 종점으로 하여 가까운 철도역 또는 일반노선버스 정류소를 연계지점으로 하여야 하며, 일반노선버스의 운행계통에 마을버스의 정류소를 설치하는 경우에는 3개소 이내로 하여야 한다. 다만, 지역의 특수한 사정으로 군수가 필요하다고 인정하는 경우에는 2개소 이내의 정류소를 추가로 설치할 수 있다.

마을버스운송사업자는 운행계통별로 차량의 배차간격이 30분이내가 되도록 자동차대수와 운행횟수를 정하고, 기점을 기준으로 첫차는 오전6시 이전부터, 막차는 오후 10시 이후까지 운행함을 원칙으로 하되, 지역의 실정에 따라 그 기준을 달리 정할 수 있다.

마을버스운송사업자는 승객의 편의를 위하여 각 정류소에 운행시간표를 게시하여야 한다.

마을버스운송사업자가 갖추어야 하는 보유차고의 면적기준은 별표와 같다.

군수는 정기 또는 수시로 교통수요와 수송 여건 등을 조사하여 시행규칙 제7조제4항의 규정에 의한 마을버스의 운행이 필요하다고 판단될 경우에는 시행규칙 제20조제3항의 규정에 의거 다음 각호의 사항을 군보에 공고하여야 한다.

군수는 제1항의 규정에 의한 운송사업신청 공고에 따라 운송사업자를 공개모집하고, 등록 신청한 운송사업자에 대하여 등록조건이 적합할 때에는 등록처리하여야 한다. 다만, 2개 이상의 운송사업자가 신청을 한 경우에는 객관적인 심사기준을 정하여 선정 등록처리하여야 한다.