「의료급여법 시행규칙」 제28조 따라 회계의 관리를 명확하기 위해서 기금운용관은 의료급여 업무담당 과장, 기금출납원은 의료급여 업무팀장으로 한다. <개정 2006.9.12, 2008.7.22, 2010.9. 14. 2012.11.30., 2016.12.31, 2018.12.31., 2022. 1 1. 29.>

군수는 필요하다고 인정할 때에는 제1항에 따라 회계공무원의 사무의 전부를 대리하거나 그 일부를 분담하기 위하여 대리 또는 분임회계기관을 둘 수 있다. <개정 2018.12.31.>

기금운용관이 수입금을 수납하고자 할 때에는 미리 수납액을 조사 결정하여 납입자에게 납입의 고지를 하여야 한다.

제1항에 따라 납입 및 독촉고지는 세외수입정보시스템 그 외 수입 고지서를 발급한다. <개정 2016.12. 31. 2018.12.31.>

수입금을 수납한 기관은 납입자에게 영수증을 교부하고 지체 없이 기금운용관에게 영수보고서를 송부하여야 한다.

기금운용관은 수급권자에게 의료급여를 행한 의료급여기관의 장이 의료급여비를 청구할 때에는 그 청구내용을 검토 조정하여 회계 부담액과 대지급금을 구분 결정한 후 그중 대지급금은 대지급금 상환대장에 기재하고 대지급금 상환의무자에게는 제5조제2항에 따라 납입고지서를 기금출납원에게는 지출원인행위 관계서류를 송부하여야 한다. <개정 2009.04.28, 2018.12.31.>

제1항에 따라 지출원인행위 관계서류를 송부받은 기금출납원은 군 금고에 대하여 지급명령을 내려야 한다. <개정 2018.12.31., 2020.5.12.>