도시관리계획시설(학교) 결정 변경안을 제안하고, 학교부지 사용계획을 수립하여 일관되게 추진한 경우 고유업무 미사용에 대한 정당사유 여부

【심급】
3심
【세목】
취득세
【주문】
상고를 모두 기각한다.
상고비용은 상고인 각자가 부담한다.
【이유】

원심판결과 상고이유를 살펴보면, 상고인들의 상고이유에 관한 주장은상고심절차에 관한 특례법 제4조제1항 각 호의 사유를 포함하지 아니하거나, 제3항 각 호에 해당한다고 인정되므로, 같은 법 제5조에 의하여 상고를 모두 기각하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-서울고등법원 2016. 8. 18. 선고 2015누63717 판결】

【주 문】 처분청일부승소

1. 제1심 판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분을 초과하는 피고 패소부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.
피고가 원고에게 2013. 12. 30. 한 등록세 98,683,980원의 부과처분 중 19,577,120원을 초과하는 부분, 지방교육세 18,357,270원 부과처분 중 3,641,750원을 초과하는 부분, 2014. 1. 2. 한 취득세 246,709,990원의 부과처분 중 48,942,810원을 초과하는 부분, 농어촌특별세 24,670,990원 부과처분 중 4,894,280원을 초과하는 부분을 각 취소한다.
2. 피고의 나머지 항소를 기각한다.
3. 소송총비용은 이를 5분하여 그 중 1은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.
【이 유】

1. 제1심 판결의 일부 인용

이 법원의 판결 이유 중 "1. 처분의 경위"부터 "2. 이 사건 각 처분의 적법여부, 가. 원고의 주장, 나. 관계법령, 다. 판단, 1) 이 사건 부동산을 사업 용도에 직접 사용하였다는 주장에 관한 판단"까지는 다음과 같이 고치는 외에는 제1심 판결 이유 중 해당 부분(제2쪽 제5행부터 제4쪽 제17행까지 및 제9, 10쪽) 기재와 같으므로,행정소송법 제8조제2항,민사소송법 제420조본문에 의하여 이를 인용한다.
<고쳐 쓰는 부분>

○ 제2쪽 제9행 "산 95-1" 다음에 "임야"를 추가한다.
○ 제2쪽 마지막 행 "98,683,980"을 "98,683,980원"으로 고친다.
2. 제1심 판결과 달라지는 부분

【 2) 정당한 사유가 있다는 주장에 관한 판단

가) 살피건대, 구「지방세법」 제107조단서, 제127조 제1항이 정하는 각 정당한 사유라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 중과의 입법 취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2002. 9. 4. 선고 2001두229 판결 참조).
나) 이 사건에서 원고가 이 사건 각 부동산을 그 고유업무에 사용하지 못하게 된 경위에 관하여 보건대, 다음과 같은 각 사실은 당사자들 사이에 다툼이 없거나, 갑 제4, 6 내지 15, 21호증, 을 제4호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있다.
⑴ 건설교통부장관은 2005. 12. 15. 건설교통부고시 제2005-417호로 00시 00동을 비롯한 그 일대 2,586,965㎡에 관하여 ◇◇◇◇◇타운 도시개발구역 지정(변경) 및 개발계획 수립을 고시하는 등으로 기존의 △△대학교 부지와 건물이 위 지구단위계획에 포함되었기 때문에, 원고가 위 지구단위계획 밖에 위치한 이 사건 각 부동산을 포함한 일대를 학교부지로 확장하기 위해서는 이 사건 각 부동산에 관한 도시관리계획시설(학교) 결정이 필요하였다. 그리하여 원고는 그에 관한 도시관리계획시설 결정을 받기 위하여, 학교법인 ◇◇학원으로부터 이 사건 각 부동산을 증여받기 전인 2008. 6. 2. 피고에게 이 사건 각 부동산의 일부를 포함한 17 필지 토지 면적합계 79,602㎡를 도시개발계획상 도시계획시설(학교) 부지로 결정하는 내용의 도시관리계획시설(학교)결정을 위한 주민제안을 하였다.
⑵ 원고는 이 사건 각 부동산을 취득한 후인 2008. 11. 19. 동일한 내용의 재 입안요청을 하였으며, 원고가 제안한 도시관리계획변경안이 심의되는 과정에서 원고는 2009. 1. 14. 피고로부터 '토목공사 진행현황도, 토지이용계획 및 종·횡단도', '기존의 산지전용허가지 내 사면 조성에 대한 복구계획' 등을 보완하라는 내용으로, 2009. 2. 27. '산지관리법상의 복구설계기준에 맞게 사면복구 계획을 수립하라'는 내용으로 각 보완요구를 받은 것을 비롯하여, 각 분야별로 그 계획을 보완 또는 수정하라는 요구를 받았다. 피고는 2009. 5. 11. 원고의 도시관리계획변경안에 대한 주민공람을 실시하였으나, 2010. 3. 2.경 원고에게 이 사건 각 부동산에 산지관리법 위반사항이 확인되어 그에 관한 조치를 선행하여야 하므로 그 조치가 이루어질 때까지는 위 도시관리계획변경안의 채택여부에 관한 회신을 하기 어렵다는 취지로 통보하였다. 그리하여, 원고는 2010. 3. 12. 위 도시관리계획변경 제안을 취하하였고, 피고는 2011. 1. 12. 원고에게 사업계획지구내에 위치한 00동 산 95-1, 00동 산 96 토지에 관한 산지불법훼손에 대한 복구명령을 통보하였다.
⑶ 원고는 위 복구명령을 이행하고 2011. 9 29. 다시 피고에게 같은 내용의 도시관리계획(학교)결정 주민제안서를 제출하였으나, 피고는 2013. 4. 17. 원고의 부지조성계획에 문제가 있음을 이유로 위 도시관리계획시설(학교)결정 주민제안을 반려하였다.
⑷ 원고는 반려내용을 보완하여 2014. 5. 경 피고에게 다시 도시관리계획시설(학교) 결정(변경) 주민제안을 하였고, 일부 계획 및 재해예방계획을 보완한 뒤 피고로부터 2014. 8. 12. 원고의 제안을 도시관리계획에 반영할 수 있다는 통지를 받았으며, 피고는 2015. 7. 30. 최종적으로 이 사건 각 부동산 일부를 포함한 인근 24필지 토지 중 69,602㎡를 도시관리계획시설(학교:△△대학교)로 결정한다는 내용의 도시관리계획 결정을 고시하였다.
다) 위 인정사실 및 앞서 든 각 증거에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 각 사정 즉, ① 원고가 이 사건 각 부동산을 그 고유업무에 사용하지 못하게 된 것은 이 사건 각 부동산에 관한 도시관리계획시설(학교) 결정이 없었기 때문으로서, 원고는 위와 같은 법률상의 장애가 있음을 알고, 이 사건 각 부동산을 취득하기 전에 피고에게 도시관리계획시설(학교)결정 변경안을 제안하는 등 상당한 주의를 기울인 것으로 보이는 점, ② 피고가 도시관리계획시설 변경을 결정하기 위하여는 피고 산하의 여러 부처뿐만 아니라 여러 유관기관이 담당하고 있는 각종 규제를 종합적·합목적적으로 검토하여야 하기 때문에, 피고의 의사결정에는 상당한 시일이 소요되는 것으로 보이는 점, ③ 원고는 피고의 각 부처의 검토과정에서 요구된 보완요구를 비교적 성실하게 이행한 것으로 보이고, 피고가 주장하는 것처럼 원고가 피고의 보완요구에 관하여 즉시 이행하지 아니한 부분이 있거나, 위와 같이 다방면의 검토와 비용이 필요한 도시관리계획안을 보완하는 데에 있어 다소 시일이 걸렸다고 하더라도, 이와 관련하여 원고가 진지한 노력을 기울이지 아니하였다고 단정할 수는 없는 점, ④ 원고는 이 사건 각 부동산을 학교부지로 사용하기 위한 계획을 오래전부터 수립하여 일관되게 추진하여 온 것으로 보이는 점, ⑤ 원고는 피고의 보완 요구사항을 이행한 결과, 원고의 계획대로 도시관리계획시설(학교) 결정이 고시됨으로써, 이 사건 각 부동산 중 도시관리계획시설(학교)로 편입된 토지를 학교부지로 사용할 수 있게 된 점 등을 종합하면, 원고가 3년 이내에 이 사건 각 부동산을 그 고유업무에 사용하지 못한 것에는 정당한 사유가 있다고 봄이 상당하다.
나아가 정당사유가 인정되는 토지의 범위에 관하여 보면, 위 인정사실에서 본 바와 같이 원고는 도시관리계획시설(학교)결정 주민제안을 함에 있어 최종적으로 이 사건 각 부동산 중 00동 산 95-1 임야 38,479㎡는 그 전부를, 00동 산 96임야 67,041㎡는 그 중 19,791㎡만을 그 편입토지에 포함시켰고, 이에 따라 피고가 2015. 7. 30. 최종적으로 도시관리계획시설(학교)결정을 하면서 이 사건 00동 산 95-1 임야 38,479㎡전부와 00동 산 96임야 중 원고가 제안한 면적 19,791㎡(합계 58,270㎡)만을 도시관리계획시설(학교)에 포함시켰음을 알 수 있는바, 그렇다면, 이 사건 토지 전체면적 105,520㎡ 중 위 도시관리계획시설(학교)에 편입된 토지에 해당하는 58,270㎡만이 3년 이내에 고유업무에 사용하지 못한 정당한 사유가 인정된다 할 것이다. 이 점을 지적하는 피고의 주장은 이유 있다.
원고는 이 사건 각 부동산의 전체면적 105,520㎡ 중 58,270㎡만이 위 도시관리계획시설(학교)에 편입되었다고 하더라도, 원고가 이 사건 각 부동산 중 위 도시관리계획시실(학교)에 편입되지 않은 토지 면적 47,250㎡ 부분은 장차 순차적으로 도시관리계획시설(학교) 변경결정을 받아 학교부지로 포함시키려 한 것인데, 위 도시관리계획시설(학교)결정이 있기 전에는 어차피 학교부지로 사용할 수 없었으므로 이 부분 면적에 해당하는 토지 부분도 3년 이내 고유업무에 사용하지 못한데 정당한 사유가 있는 것이라 주장하나, 원고가 2008. 6. 2. 처음으로 도시관리계획시설(학교)결정을 위한 주민제안을 한 이래 최종적으로는 2014. 5. 경의 주민제안에 이르기까지 이 사건 각 부동산 중 일부 만을 편입토지로 하여 주민제안을 하였을 뿐만 아니라, 이 사건 각 부동산 중 58,270㎡가 도시관리계획시설(학교)결정에 따라 학교부지로 포함되었다고 하여 나머지 토지 면적 47,250㎡를 학교부지로 사용할 수 있게 되는 것도 아니라 할 것이니 원고의 위 주장은 이유 없다.
라) 따라서 원고가 이 사건 각 부동산 중 58,270㎡부분(00동 산 95-1 임야 38,479㎡와 00동 산 96 임야 중 19,791㎡)은 3년 이내에 그 고유업무에 사용하지 아니하였다고 하더라도, 그에 관하여 정당한 사유가 있다고 인정되고, 나머지 47,250㎡(00동 산 96 임야 중 47,250㎡)부분은 3년 이내에 그 고유업무에 사용하지 아니한 데에 정당한 사유가 있다고 할 수 없다고 할 것인데, 위 58,270㎡를 제외한 나머지 47,250㎡에 대한 정당한 취득세 및 농어촌특별세, 등록세 및 지방교육세는 별지 산출세액내역의 기재와 같다.
3. 결론

그렇다면, 이 사건 각 처분 중 별지 산출세액내역 합계란 기재 각 세액을 초과하는 부분에 한하여 위법하여 이를 취소하여야 할 것인데, 제1심 판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로, 피고의 항소를 일부 받아들여 제1심 판결 중, 별지 산출세액내역 합계란 기재 각 세액 부분에 해당하는 피고 패소 부분을 취소하고, 그에 해당하는 원고의 청구를 기각하며, 피고의 나머지 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
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【하급심-수원지방법원 2015. 9. 23. 선고 2014구합58359 판결】

【주 문】 처분청패소

1. 피고가 원고에게 2013. 12. 30. 한 등록세 98,683,980원, 지방교육세 18,357,270원 부과처분과 2014. 1. 2. 한 취득세 246,709,990원, 농어촌특별세 24,670,990원 부과처분을 각 취소한다.
2. 소송비용은 피고가 부담한다.
【이 유】

1. 처분의 경위

가. 원고는 '△△대학교'를 운영하는 학교법인이다.
나. 원고는 △△대학교의 부지를 확장하는 용도로 사용하기 위하여 2008. 10. 17. 학교법인 ◇◇학원으로부터 00시 00동 산95-1 38,479㎡와 같은 동 산96 임야 67,041㎡(이하 '이 사건 각 부동산'이라 한다)을 증여받아 2008. 10. 21. 그에 관한 소유권이전등기를 마치면서, 같은 날 피고에게 구 지방세법(2008. 12. 26. 법률 제9168호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제107조 제1호, 제127조 제1항 제1호가 각 정한 등록세 등의 면제 사유인 '공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득'에 해당함을 들어 피고에게 지방세의 면제를 신청하였고, 이에 따라 피고는 원고에게 등록세 등 지방세를 부과하지 아니하였다.
다. 피고는, 원고가 2008. 10. 21. 이 사건 각 부동산을 취득하고 3년 이내에 정당한 사유 없이 그 용도에 직접사용하지 아니하였다는 이유로 구「지방세법」 제107조단서, 제127조 제1항 단서에 따라 원고에게, 2013. 12. 30. 기존에 면제되었던 등록세 98,683,980, 지방교육세 18,357,270원을, 2014. 1. 2. 취득세 246,709,990원, 농어촌특별세 24,670,990원을 각 부과(이하 위 각 부과처분을 '이 사건 각 처분'이라 한다)하였다.
【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1, 3호증, 을 제2호증(각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

원고는 다음과 같은 이유를 들어 이 사건 각 처분이 위법하다고 주장한다.
1) 구 지방세법은 등록세 등의 감면요건으로 '비영리 사업자가 그 사업에 사용하기 위하여 취득한 부동산을 용도에 직접 사용할 것'을 요구하고 있을 뿐, 학교법인의 경우 그 토지를 '교지 또는 교사에 사용할 것'을 요구하고 있지 않은바, 원고는 이 사건 각 부동산을 △△대학교 건물 부지로 사용하고, 건물을 신축하기 이전에는 종전 지목과 같이 이를 임야로 사용하면서 학생들의 심신수양 및 정서함양에 필요한 장소로 활용할 계획이었으나, 피고가 행정철차의 미비 등을 이유로 건물 신축에 필요한 허가 등을 하여주지 않는 바람에 건물 신축을 하지 못한 채, 이 사건 각 부동산의 일부에 보조운동장을 조성하고 나머지 임야는 학생들의 심신수양 및 정서함양을 위한 휴식공간으로 사용하고 있으므로, 원고는 이 사건 각 부동산을 사업 용도에 직접 사용한 것으로 보아야 한다.
2) 설령 이 사건 각 부동산이 그 용도에 직접 사용되지 아니하였다고 하더라도, 그에 관하여는 정당한 사유가 있다.
나. 관계법령

별지와 같다.
다. 판단

1) 이 사건 부동산을 사업 용도에 직접 사용하였다는 주장에 관한 판단

살피건대,「지방세법」 제107조제1호와 제127조 제1항 제1호는 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득 및 그 등기에 대하여는 취득세와 등록세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있는바, 위 각 규정에서 비영리사업자가 당해 부동산을 '그 사업에 사용'한다고 함은 현실적으로 당해 부동산의 사용용도가 비영리사업 자체에 직접 사용되는 것을 뜻하고, '그 사업에 사용'의 범위는 당해 비영리사업자의 사업목적과 취득목적을 고려하여 그 실제의 사용관계를 기준으로 객관적으로 판단하여야 한다(대법원 2005. 12. 23. 선고 2004다58901 판결).
이 사건에 관하여 보건대, 갑 제19, 20호증, 을 제2호증의 2, 을 제3호증의 1의 각 기재 또는 영상 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 원고는 학교 건물을 짓고 그 주변에 학생들의 휴식공간, 주차장 등을 조성하기 위하여 이 사건 각 부동산을 취득한 사실, 현재 이 사건 각 부동산 중 일부 토목공사가 실시된 가장자리에 농구대 등 운동시설이 설치되어 있을 뿐, 건물신축이나 부지정리 공사가 완성되지 아니한 사실을 인정할 수 있는바, 이와 같은 이 사건 각 부동산의 실제 사용관계와 원고의 취득목적 등을 종합하여 보면, 이 사건 각 부동산이 원고의 사업에 사용되었다고 볼 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다.
2) 정당한 사유가 있다는 주장에 관한 판단

가) 살피건대, 구「지방세법」 제107조단서, 제127조 제1항이 정하는 각 정당한 사유라 함은 법령에 의한 금지·제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당사유의 유무를 판단함에 있어서는 중과의 입법 취지를 충분히 고려하면서 당해 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 토지의 취득목적에 비추어 고유목적에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 고유목적에 사용할 수 없는 법령·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 토지를 고유업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부, 행정관청의 귀책사유가 가미되었는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2002. 9. 4. 선고 2001두229 판결).
나) 이 사건에서 원고가 이 사건 각 부동산을 그 고유업무에 사용하지 못하게 된 경위에 관하여 보건대, 갑 제4, 6 내지 15, 21호증, 을 제4호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하면, 다음과 같은 각 사실을 인정할 수 있다.
⑴ 건설교통부장관은 2007. 12. 13. 건설교통부고시 제2007-578호로 00시 00동을 비롯한 그 일대 2,579,757㎡에 관하여 ◇◇◇◇◇타운 도시개발구역 지정(변경) 및 개발계획 수립을 고시하는 등으로 기존의 △△대학교 부지와 건물이 위 지구단위계획에 포함되었기 때문에, 원고가 위 지구단위계획 밖에 위치한 이 사건 각 부동산을 포함한 일대에 학교부지를 확장하기 위해서는 이 사건 각 부동산에 관한 도시계획시설(학교) 결정이 필요하였다. 그리하여 원고는 그에 관한 도시계획시설 결정을 받기 위하여, 학교법인 ◇◇학원으로부터 이 사건 각 부동산을 증여받기 전인 2008. 6. 2. 피고에게 이 사건 각 부동산의 일부를 포함한 17 필지 토지 중 면적합계 79,602㎡를 도시개발계획상 도시계획시설(학교) 부지로 결정한다는 내용의 도시관리계획변경안을 제안하였다.
⑵ 원고가 제안한 도시관리계획변경안이 심의되는 과정에서 원고는 2009. 1. 14. 피고로부터 '토목공사 진행현황도, 토지이용계획 및 종·횡단도', '기존의 산지전용허가지 내 사면 조성에 대한 복구계획' 등을 보완하라는 내용으로, 2009. 2. 27. '산지관리법상의 복구설계기준에 맞게 사면복구 계획을 수립하라'는 내용으로 각 보완요구를 받은 것을 비롯하여, 각 분야별로 그 계획을 보완 또는 수정하라는 요구를 받았다. 피고는 2009. 5. 11. 원고의 도시관리계획변경안에 대한 주민공람을 실시하였으나, 2010. 3. 2.경 원고에게 이 사건 각 부동산에 산지관리법 위반사항이 확인되어 그에 관한 조치를 선행하여야 하므로 그 조치가 이루어질 때까지는 위 도시관리계획변경안의 채택여부에 관한 회신을 하기 어렵다는 취지로 통보하였다. 그리하여, 원고는 2010. 3. 12. 피고에 대하여 위 도시관리계획변경안 제안을 취하하였고, 2011. 1. 12. 피고로부터 훼손된 산지를 복구하라는 명령을 받았다.
⑶ 원고는 위 복구명령을 이행하고 다시 피고에게 같은 내용의 도시관리계획변경안을 제안하였으나, 2013. 4. 17. 피고로부터 원고의 부지조성계획에 문제가 있음을 이유로 위 도시관리계획변경안 제안을 반려받고 다시 이를 보완하여 2014. 1. 28. 피고에게 도시관리계획변경안을 제안하였으나, 피고로부터 2014. 6. 17. 이후 산지와 관련한 일부 도면과 교통시설과 관련한 일부 계획 및 재해예방계획을 보완하라는 등의 요구를 받았으며, 2014. 7. 8. 원고의 제안과 관련하여 관련부서 사이의 내부검토에 시일이 지연되고 있으니 양해를 바란다는 취지로 통지 받은 뒤, 2014. 8. 12. 원고의 제안을 도시관리계획에 반영할 수 있다는 통지를 받았다. 피고는 2015. 7. 30. 이 사건 각 부동산 일부를 포함한 인근 69,602㎡ 도시계획시설의 부지로 결정한다는 내용의 도시관리계획 결정을 고시하였다.
다) 위 인정사실 및 앞서 든 각 증거에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 각 사정 즉, ① 원고가 이 사건 각 부동산을 그 고유업무에 사용하지 못하게 된 것은 이 사건 각 부동산에 관한 도시계획시설 결정이 없었기 때문으로서, 원고는 위와 같은 법률상의 장애가 있음을 알고, 이 사건 각 부동산을 취득하기 전에 피고에게 도시관리계획 변경안을 제안하는 등 상당한 주의를 기울인 것으로 보이는 점, ② 피고가 도시관리계획을 결정하기 위하여는 피고 산하의 여러 부처뿐만 아니라 여러 유관기관이 담당하고 있는 각종 규제를 종합적·합목적적으로 검토하여야 하기 때문에, 피고의 의사결정에는 상당한 시일이 소요되는 것으로 보이는 점, ③ 원고는 피고의 각 부처의 검토과정에서 요구된 보완요구를 비교적 성실하게 이행한 것으로 보이고, 피고가 주장하는 것처럼 원고가 피고의 보완요구에 관하여 즉시 이행하지 아니한 부분이 있거나, 위와 같이 다방면의 검토와 비용이 필요한 도시관리계획안을 보완하는 데에 있어 다소 시일이 걸렸다고 하더라도, 이와 관련하여 원고가 진지한 노력을 기울이지 아니하였다고 단정할 수는 없는 점, ④ 원고는 이 사건 각 부동산을 학교부지로 사용하기 위한 계획을 오래전부터 수립하여 일관되게 추진하여 온 것으로 보이고, 피고로서도 가급적 보완요구 사항을 오랜 기간에 걸쳐 순차적으로 지적하기보다 먼저 종합적인 검토를 선행한 후 이를 제시함으로써 그 절차에 소요되는 시간을 단축할 여지도 있었던 것으로 보이는 점, ⑤ 원고는 피고의 보완 요구사항을 이행한 결과, 원고의 계획대로 도시관리계획 결정이 고시됨으로써, 이 사건 각 부동산을 학교부지로 사용할 수 있게 된 점 등을 종합하면, 원고가 3년 이내에 이 사건 각 부동산을 그 고유업무에 사용하지 못한 것에는 정당한 사유가 있다고 봄이 상당하다.
라) 따라서 원고가 이 사건 각 부동산을 3년 이내에 그 고유업무에 사용하지 아니하였다고 하더라도, 그에 관하여 정당한 사유가 있다고 인정되는 이상, 피고로서는 이미 면제받은 취득세 등을 다시 부과할 수 없다고 할 것이므로, 이 사건 각 처분은 위법하다.
3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.
관계법령

□ 구 지방세법(2008. 12. 26. 법률 제9168호로 개정되기 전의 것)

제107조(용도구분에 의한 비과세)

다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 취득세를 부과한다.
1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득

제127조(용도구분에 의한 비과세)

① 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여 등록세를 부과한다.
1. 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영이사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기

□ 구 지방세법 시행령(2008. 10. 7. 대통령령 제21067호로 개정되기 전의 것)

제79조(비영리사업자의 범위)

① 법 제107조제1호에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 다음 각 호의 자를 말한다.
2. 「초·중등교육법」및 「고등교육법」에 따른 학교, 「경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립·운영에 관한 특별법」또는 「기업도시개발 특별법」에 따른 외국교육기관을 경영하는 자 및 「평생교육법」에 의한 교육시설을 운영하는 평생교육단체

제94조(비영리사업자의 범위 등)

① 법 제127조 제1항 제1호 본문에서 "대통령령으로 정하는 비영리사업자"라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다.