연구원 신축부지로 사용하기 위하여 취득 당시 이전계획에 포함되지 않았고, 국토교통부장관의 지방이전계획 변경승인 없이 취득한 부동산이 취득세, 재산세 등이 감면대상에 포함되는지 여부

【심급】
1심
【세목】
취득세
【주문】
1. 원고의 청구를 기각한다.
2. 소송비용은 원고가 부담한다.
【이유】

1.처분의 경위

가. 1)원고(변경 전 명칭 대한지적공사)는2009. 6. 11.국토교통부로부터 서울 영등포구 의사당대로141에 두었던 주사무소(이하'본사'라 한다)를 전주시 완산구 기지로120으로 이전하기로 하는 지방이전계획을 승인받았고, 2010. 1. 21. 1차 변경승인을 받은 후2011. 1.경 국토교통부에,원고의 중장기계획에 따른2012년 본사 및 연구원(원고의 부설기관인'공간정보연구원'의 연구원이다,이하'공간정보연구원'은'연구소'라 한다)상주인원 증가 등을 사유로 기존에 받았던 지방이전계획의 변경승인을 신청하였다.
위 변경승인 신청은 종전에 승인받은 건축면적인11,297㎡를12,856㎡로 변경하고,원고의 본사와 연구원(임원 제외)총 인원은2006.말 기준176명, 2010. 10.말 기준181명이나, 2012.말에는190명으로 증가될 것으로 예상되고,바로처리 콜센터의 신규인력으로38명이 충원될 예정이어서2012.말 이전 예정인원을228명으로 늘린다는 내용을 포함하고 있다.
2)국토교통부는2011. 1. 17.경 위 변경승인 신청에 대하여,이전인원을190명에서228명으로,시설면적을11,297㎡에서12,856㎡로 변경하는 내용의 지방이전계획 변경승인을 하였다(이하 변경승인된 위 계획을'이 사건 변경승인계획'이라 한다).
나.원고는2013. 11. 25.이 사건 변경승인계획에 따라 원고의 본사 지방이전을 완료하였다.
다.국토교통부는2015. 10. 14.지방이전을 추진 중이거나 완료한 일부 공공기관들이 당초 승인받은 지방이전계획과 다르게 운영하거나 지방이전이 완료된 기관에서 이전계획 변경절차에 대한 문의가 있다는 이유로,매년 말 소관부처에 주요 지방이전현황을 보고하고,이전 후의 지방이전계획 변경절차를 마련하는 내용의 사후관리방안 지침을 내렸다.
위 지침에 따른 이전 후의 지방이전계획 변경절차는,이전한 기관 중 당초 승인받은 지방이전계획과 현저히 다르게 운영할 필요가 있는 기관이'지방이전계획 변경(안)및 지방이전계획 변경요청 내역'을 작성하여 기획재정부,지방자치단체와 사전협의 후 소관부처에 보고하고,소관부처가 국토부에 변경을 요청하면 심의를 거쳐 국토부장관이 승인을 하기로 하는 내용이었다.
라.원고는2015. 12.경 국토교통부에 원고의 본사에 관한 지방이전계획 이행완료 보고를 하였다.
마.원고는2016. 3. 25.경 국토교통부의 지방이전 현황조사 시,이전인원 중 연구소 연구원3명이 서울에 위치한 국토엑스포사무국에 파견근무를 하였고,최종승인 지방이전계획과 달리 직원숙소 및 임시사택을 운영한다는 등의 위반사항에 관하여 지적을 받고, 2016. 3. 31.국토교통부장관에게 시정조치계획을 제출하였다.
위 시정조치계획은,이 사건 변경승인계획에 따른 이전인원228명(연구원28명 포함)을329명(연구원54명 포함)으로 늘리고,이전청사 건축면적12,856㎡를 신축 부분13,832㎡(본사)및 임차 부분2,712㎡(연구원)로 변경하는 것이다.그러나 원고는 위 계획에 대한 변경승인을 받지는 못하였다.
바. 1)원고는2016. 9. 30.이사회를 열어,연구소 부지를 마련하기 위하여 전북개발공사로부터 전북 완주군 이서면 용서리869대29,252.5㎡(이하'이 사건 토지'라 한다)를87억7575만 원에 취득하기로 결의하였다.
2)이에 따라 원고는2016. 12. 1.이 사건 토지를 취득한 후 같은 달14.피고에게 이 사건 토지에 관한 취득세351,030,000원,지방교육세35,103,000원,농어촌특별세17,551,500원 합계403,684,500원을 납부하였다.
사. 1)원고는2017. 2. 7.국토교통부장관에게 지방이전현황 정기보고서를 제출하면서,이전부지에 관한 당초 승인면적은29,822㎡이나,실제 현황은29,871㎡(본사), 29,153㎡(연구원)라는 취지의 기재를 하여 제출하였다.
2)또한 원고는2017. 8. 3.국토교통부장관에게 원고의'지방이전 공공기관 관리카드'를 제출하였는데,위 카드에는 이전부지에 관하여,이 사건 변경승인계획에 따른 이전부지는'(본사) 29,822㎡'인데, 2017. 6.기준 이전현황은'(본사) 29,871㎡, (연구원) 29,253㎡'라고 기재되어 있다.
아. 1)피고는2017. 9. 6.원고에게,이 사건 토지에 관한 재산세,지방교육세로 합계87,101,310원을 부과하였다가, 2017. 9. 20.이를26,865,250원으로 변경·부과하였다.
2)피고는2017. 11. 9.경 원고에게 위와 같이 부과된 재산세,지방교육세와 관련하여, '이전공공기관이 국토교통부장관의 승인을 받은 지방이전계획의 범위를 벗어나 부동산을 취득한 경우라면 구 지방세특례제한법(2016. 12. 27.법률 제14477호로 개정되기 전의 것,이하 같다)제81조 제1항에서 정한'지방이전계획 승인을 받아 이전할 목적으로 취득하는 부동산'에 해당하지 않고,이 사건 토지는 지방이전계획 승인을 받지 않았으므로 그 감면대상이 아니다'라는 이유로,감면되지 않은 정당세액87,101,310원과 감면된 당초세액26,865,250원의 차액60,236,060원(= 87,101,310원- 26,865,250원)을 수시 과세하겠다고 예고하였다.
3)이에 피고는2018. 5. 15.원고에게 재산세 및 지방교육세 합계60,236,060원을 부과하는 처분을 하였고,원고는2018. 5. 30.이를 납부하였다.
자. 1)한편,원고는2017. 9. 26.피고에게,원고는 지방이전 공공기관으로서 지방이전을 위하여 이 사건 토지를 취득하였으므로,그 취득세 등으로 납부한403,684,500원은 지방세특례제한법 제81조 제1항에 따른 감면액에 해당한다는 이유로,납부세액을0원으로 경정하고 기존에 납부한 세금을 환급하여 달라는 취지의 청구를 하였다.
2)피고는2017. 11. 16.원고에게 아래와 같은 이유로 위 경정청구를 받아들이지 않는다는 통지를 하였다(이하'이 사건 거부처분'이라 한다).
원고가 지방으로 이전하게 됨에 따라 연구원 신축부지로 사용하기 위하여 이 사건 토지를 취득하였으나, 취득 당시 이전계획에는 이 사건 토지 취득계획이 없었고, 국토교통부장관의 승인을 받은 내역에 이 사건 토지가 포함되지 않았다. 또한 2016. 3. 31. 연구원을 임차이전하기로 변경승인신청(3차)만 했을 뿐 매입계획은 없으므로 '국토교통부장관의 지방이전계획 승인을 받아 이전할 목적으로 취득하는 부동산'에 해당하지 않아 감면대상이 아니다.

차.원고는2018. 1. 30.이 사건 거부처분에 불복하여 조세심판원에 심판을 청구하였으나, 2018. 4. 30.그 청구가 기각되었다.
타.피고는2018. 9. 5.원고에게 이 사건 토지를 포함한8필지의 토지에 관하여 재산세 및 지방교육세 합계97,962,620원을 부과하였고,원고는2018. 9. 20.이를 납부하였다(이하 위 아의3)항 기재 재산세 등 부과처분과 통틀어'이 사건 각 재산세 부과처분'이라 한다).
[인정근거]다툼 없는 사실,갑 제1내지18, 21, 22, 23호증,갑 제26호증의1을 제1호증의 각 기재,변론 전체의 취지

2.이 사건 각 재산세 부과처분,이 사건 거부처분의 적법 여부에 관한 판단

가.원고 주장의 요지

1)이 사건 변경승인계획에는 연구소 총 인원인28명을 포함한228명의 이전이 포함되어 있었으므로,원고 부설기관인 연구소의 이전계획도 승인된 것이다.그렇다면 이 사건 토지 취득에 관하여 별도로 사후승인을 받지 않았더라도 이 사건 토지의 취득은 실질적으로 지방이전을 목적으로 하는 이상,별도로 이 사건 토지의 취득에 관한 계획 승인은 필요 없고,만일 별도의 계획 승인이 있어야 한다고 해석한다면 구 공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법(2012. 1. 17.법률 제11183호로 개정되기 전의 것,이하'구 지방이전법'이라 한다),구 지방세특례제한법의 목적에 반한다.
2)원고의 지방이전계획승인 당시에는 국토교통부의 변경승인 제도가 없었으므로,과세요건을 판단함에 있어 당초의 지방이전계획에 예정되지 않았던 요건을 부가하는 것은 위법하다.
3)원고가2016. 3. 31.국토교통부에 이 사건 변경승인계획을 변경하기 위한 시정조치계획을 제출하였으나, '2015. 12.원고의 지방이전계획에 대한 이행완료보고가 되었으므로 이후 연구소의 이전으로 인한 부지 취득은 지방이전계획 변경승인 대상이 아니다'는 이유로 변경승인 대상 제외통보를 받았고,이는 연구소의 이전을 위한 부지취득은 이미 당초 승인계획에 포함된 내용이 이행된 것이므로 변경승인을 받을 필요가 없다는 의미이다.만일 이와 같은 의미가 아니었다면 국토교통부는 원고가2017. 2. 7.과2017. 8. 3.에 국토교통부에 변경승인을 신청하였을 때 승인거절을 통지하였을 것이다.
4)구 지방세특례제한법 제81조 제1항에서 국토교통부의 승인 대상으로 삼은 것은 전반적인 지방이전계획이고,이전을 위하여 취득할 개개의 부동산은 아니므로,구 지방세특례제한법 제81조 제1항에서 정한'지방이전계획 승인을 받아 이전할 목적으로 취득하는 부동산'은'승인을 받은 부동산'이 아니라'승인을 받아 이전할 목적으로 취득한 부동산'으로 해석해야 한다.
5)원고가2016. 3. 31.한 변경승인신청은 위 신청 당시의 이전청사 현황을 승인받기 위한 것이었을 뿐이고,연구소의'임차이전'을 확정할 목적으로 신청한 것은 아니었으므로,위 신청 당시 매입계획이 없었다고 해서 감면대상이 아니라고 할 수 없다.
6)원고는2013. 11. 15.최초로 지방이전을 할 때 연구소를 함께 이전하려 하였으나,연구원들이'2016스마트국토엑스포'업무를 처리하기 위해서는 서울에 있는 것이 타당했고,인사에 따라 업무공간이 부족하게 되어 부득이 위 연구원 인원들이 서울에 잔류하였는데, 2016.연구소를 이전하는 과정에서 본사의 업무공간 부족으로 사무실을 임차하였다가 연구소 신축을 위하여 이 사건 토지를 취득한 것이므로,이는 원고의 규모 확장에 따라 취득한 것이 아니라,원고의 지방이전을 목적으로 취득한 부동산이다.
나.관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.
다.판단

제1항의 인정사실에 앞서 든 증거들,갑 제26호증의3의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 아래와 같은 사정을 종합하여 보면,원고의 이 사건 토지 취득은 구 지방세특례제한법 제81조 제1항에서 정한 바에 따라 국토교통부장관의 지방이전계획 승인을 받아 이전할 목적으로 취득한 것이라고 할 수 없다.따라서 이 사건 각 재산세 부과처분과 이 사건 거부처분은 적법하므로,이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 받아들일 수 없다.
①원고는2018. 10. 15.자 준비서면에서,이 사건 토지의 취득에 관하여 국토교통부로부터 승인을 받지 않았음은 자인하고 있다.
②구 지방이전법 제4조 제1항 제1호,제4호,구 공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법 시행령(2013. 3. 23.대통령령 제24443호로 개정되기 전의 것)제3조 제1항 제1호,제3호에 따르면,지방이전계획에는'이전의 규모 및 범위에 관한 사항', '사무소의 신축 또는 임차계획', '사무소 부지매입비·신축비·임차비 등 이전비용 산정'에 관한 사항이 모두 포함되어야 한다.즉,지방이전계획은 인적 자원의 이전에 관한 사항뿐 아니라,이전할 장소와 그 장소의 취득방법(신축 또는 임차),취득 비용 등 물적 요소에 관한 사항까지 포함하도록 되어 있다.
③원고는2009. 7.경 국토교통부에'본사와 연구소 동일 장소 이전으로 인한 연구시설 부족'등을 이유로,본사 이전 예정부지의 위치와 면적(기존9,496㎡에서29,822㎡로 증가),시설배치,건축면적의 변경에 관한 계획변경승인을 요청하기도 하였다.즉,원고 역시 지방이전계획에는 이전할 부지,신축될 건축물의 설계 및 배치 등의 물적 요소를 포함하고 있어야 할 뿐만 아니라,이러한 요소가 승인의 대상임을 이미 충분히 인지하고 있었다.
④원고는2009. 7.경 본사와 연구소를 동일한 장소로 이전할 예정이었고,이 사건 변경승인계획 역시 연구원28명을 포함한228명의 이전을 포함하고 있으나,연구소를 본사와 별개의 장소에 이전·설치하는 내용은 포함하고 있지 않다.또한 국토교통부는 이 사건 변경승인계획을 검토하면서,연구원28명을 포함한 이전인원228명이2006.말 기준 총 인원176명의130%한도 이내라는 기준에 부합하고,업무시설이1인당56.53㎡이내라는 기준에 부합한다고 판단하여 이 사건 변경승인계획을 승인하기도 하였다.즉,이 사건 변경승인계획 당시 국토교통부는 연구원들을 포함한228명 전부가 위 계획에서 승인된 본사 청사 내에서 근무할 수 있으리라고 판단하여 이를 승인한 것이다.반면 이 사건 변경승인계획에는 연구소를 본사와 별도로 설치한다는 계획은 포함되어 있지 않았다.
⑤원고는 연구소 총 인원28명의 지방이전이 예정된 이상 연구소의 이전계획이 승인된 것이라고 주장하나,앞서 본 바와 같이 지방이전계획은 인적 자원의 이전에 관한 사항 외에 물적 요소에 관한 사항까지 포함하고 있으므로,연구원28명의 인적 이전에 관한 계획이 바로 연구소의 물적 요소,즉 부지 및 건물과 그 취득방법이나 취득비용에 관한 계획으로 간주된다고 해석할 수는 없다.
⑥더구나 원고의 위와 같은 주장은 연구원들의 인적 이전에 관한 계획이 일단 승인되면 원고 스스로 그 연구원들이 이전할 장소나 그 취득방법(임대차 또는 매매)등에 관하여 완전히 자유롭게 결정할 수 있다거나 별도의 승인이 요구되지 않고,언제 어떠한 방법으로 어떤 부동산을 취득하든 구 지방세특례제한법 제81조 제1항의 특례를 누릴 수 있다는 의미로,이는 국토교통부장관의 승인을 요건으로 삼은 구 지방세특례제한법의 요건을 사실상 무력화시키는 자의적인 주장에 불과한 반면,이와 달리 해석한다고 하여 구 지방세특례제한법이나 구 지방이전법의 입법 목적에 반한다고 볼 수 는 없다.
⑦원고는 이 사건 변경승인계획이 있었던2011. 1. 17.경에는 국토교통부의 변경승인 제도가 없었다고 주장하나,원고가2010. 1. 21.및2011. 1. 17.지방이전계획의 변경승인을 받았던 것처럼 이전계획을 변경할 필요가 있을 경우 변경승인을 받는 것은 당연한 일이므로,변경승인 제도가 법률상 허용되지 않는다고 단정할 수 없다.
다만,원고의 위와 같은 주장을 이 사건 변경승인계획 당시에는 국토교통부의 사후관리방안 지침이 없었다는 취지로 선해하여 보더라도 제1항에서 본 사실에 의하면,사후관리방안 지침은 지방이전이 완료된 기관에서 당초 승인받은 지방이전계획을 변경하고자 하는 경우 그 절차를 구체적으로 정한 것에 불과하고,구 지방세특례제한법 제81조 제1항이 이미 정하고 있는 요건인'지방이전계획 승인을 받을 것'이라는 기존의 요건을 더욱 가중한 것이라고는 볼 수 없으므로,위 사후관리방안 지침이 구 지방세특례제한법이 정한 감면요건에 추가적인 요건을 가중한 것이라고 보기도 어렵다.
⑧국토교통부가 원고의2016. 3. 31.자 시정조치계획을 거부한 것은 원고의 주장 자체에 의하더라도'원고의 지방이전계획이2015. 12.경 완료되었다'고 보고되었기 때문이고,이는 원고의 지방이전 계획이 모두 완료됨으로써 그 이후에 이루어진 새로운 부동산인 이 사건 토지의 취득은 원고의 당초 지방이전계획과는 무관하다는 취지일 뿐,원고의 주장과 같이 당초 승인된 지방이전 계획에 포함된 내용이 모두 이행되었기 때문이라고는 볼 수는 없다.더욱이 원고는2017. 2. 7.및2017. 8. 3.국토교통부에 이전상황에 관한 정기보고를 한 것으로 보일 뿐,그 무렵 변경승인을 신청하였다고 평가할 수도 없다.
⑨지방이전계획은 인적 자원의 이전을 위한 사항뿐 아니라 물적 요소에 관한 사항까지 포함하고 있으므로,지방이전계획이 변경승인 등을 거쳐 최종적으로 구체화된 시점에는 이전계획에 이전할 목적으로 취득하는 부동산에 대한 사항이 포함되어 있어야 한다.따라서 원고의 위 가의4)항 기재 주장과 같이 구 지방세특례제한법 제81조 제1항의 요건을'승인을 받아 이전할 목적으로 취득한 부동산'으로 해석하는 것은'승인을 받은 부동산'으로 해석하는 것과 실질적으로는 그 결과가 다르지 않다.
⑩원고의 위 가의5)항 기재 주장은,원고가2016. 3. 31.변경승인신청에 대한 승인을 얻지 못한 이상 의미가 없다.다만 위2016. 3. 31.자 변경승인신청은,그 신청 무렵에야 원고에게 이 사건 변경승인계획과는 달리 본사와 별개의 장소에 연구소를 설치할 의사가 생겼음을 반증할 뿐이다.
⑪원고의 위 가의6)항의 주장은,그 주장 자체가2016.경에는 이 사건 변경승인계획 당시 이전 예정인원인228명을 초과하여 총 인원이 증가하게 됨에 따라 업무공간이 부족하게 되었다는 것으로,이는 오히려 원고의 인적 규모 확장을 자인하는 것에 불과하다.
3.결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여,주문과 같이 판결한다.
재판장 판사최치봉 판사최미영 판사신태광

관계 법령

■구 지방세특례제한법(2016. 12. 27.법률 제14477호로 개정되기 전의 것)

제1조(목적)

이 법은 지방세 감면 및 특례에 관한 사항과 이의 제한에 관한 사항을 규정하여 지방세 정책을 효율적으로 수행함으로써 건전한 지방재정 운영 및 공평과세 실현에 이바지함을 목적으로 한다.
제81조(이전공공기관 등 지방이전에 대한 감면)

① 「공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법」 제2조제2호에 따른 이전공공기관(이하 이 조에서"이전공공기관"이라 한다)이 같은 법 제4조에 따라 국토교통부장관의 지방이전계획 승인을 받아 이전할 목적으로 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를2016년12월31일까지 면제하고,재산세의 경우 그 부동산에 대한 납세의무가 최초로 성립하는 날부터5년간 면제하고 그 다음3년간 재산세의100분의50을 경감한다.
■구 공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법(2012. 1. 17.법률 제11183호로 개정되기 전의 것)

제1조(목적)

이 법은「국가균형발전 특별법」 제18조의 규정에 따른 공공기관 지방이전 시책 등에 따라 수도권에서 수도권이 아닌 지역으로 이전하는 공공기관 등을 수용하는 혁신도시의 건설을 위하여 필요한 사항과 해당 공공기관 및 그 소속 직원에 대한 지원에 관한 사항을 규정함으로써 공공기관의 지방이전을 촉진하고 국가균형발전과 국가경쟁력 강화에 이바지함을 목적으로 한다.
제2조(정의)

이 법에서 사용하는 용어의 정의는 다음과 같다. <개정2009.4.22>

1. "공공기관"이라 함은「국가균형발전 특별법」 제2조제10호의 기관을 말한다.
2. "이전공공기관"이라 함은 수도권에서 수도권이 아닌 지역으로 이전하는 공공기관(제29조 단서의 규정에 따라 개별이전하는 공공기관을 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 기관을 말한다.
제4조(이전공공기관 지방이전계획의 수립)

①이전공공기관의 장은 다음 각 호의 사항을 포함하는 지방이전계획을 수립하여야 한다.
1.이전의 규모 및 범위에 관한 사항

2.이전시기에 관한 사항

3.이전비용의 조달 방안에 관한 사항

4.그 밖에 대통령령이 정하는 사항

②제1항의 규정에 따른 지방이전계획은 수도권에 있는 이전공공기관의 본사 또는 주사무소 및 그 기능의 수행을 위한 조직을 지방으로 이전하는 것을 목적으로 수립되어야 한다.
③이전공공기관의 장은 제1항의 규정에 따라 지방이전계획을 수립한 때에는 그 계획을 소관 행정기관의 장에게 제출하여야 한다.그 계획을 변경하는 경우에도 또한 같다.
④소관 행정기관의 장은 제3항의 규정에 따라 제출된 지방이전계획을 검토·조정하여 국토해양부장관에게 제출하여야 하며,국토해양부장관은「국가균형발전 특별법」 제22조에 따른 지역발전위원회의 심의를 거쳐 승인하여야 한다.다만,대통령령이 정하는 경미한 사항을 변경하는 경우에는 지역발전위원회의 심의를 거치지 아니한다.
■구 공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법 시행령(2013. 3. 23.대통령령 제24443호로 개정되기 전의 것)

제3조(이전공공기관 지방이전계획의 수립)

①법 제4조제1항제4호에서"그 밖에 대통령령이 정하는 사항"이라 함은 다음 각 호의 사항을 말한다.
1.사무소의 신축 또는 임차계획

2.법 제47조제1항에 따른 이주직원에 대한 지원대책

3.사무소 부지매입비·신축비·임차비,이주직원에 대한 지원대책에 따른 비용 등 이전비용 산정

4.지방이전에 따른 수입 감소를 최소화하기 위한 대책

5.그 밖에 지방이전과 관련하여 필요한 사항

②법 제4조제4항 단서에서"대통령령이 정하는 경미한 사항을 변경하는 경우"라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.
1.법령의 제정 또는 개정 등으로 인하여 이전공공기관의 명칭이 변경되는 경우

2. 1년 이내의 범위내에서 이전시기를 변경하는 경우

3.제1항제3호의 이전비용 산정을10퍼센트 범위 안에서 변경하는 경우

4.그 밖에 국토해양부장관이 경미하다고 인정하는 사항을 변경하는 경우

③국토해양부장관은 제2항제3호에 해당하는 경우로서 정부의 재정지출이 증액되는 경우에는 미리 기획재정부장관과 협의하여야 한다.끝.