비수도권 시ㆍ도지사는 혁신사업 또는 전략산업을 위하여 「건축법」 제69조제1항제2호에도 불구하고 규제자유특구의 일부(같은 조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다)를 특별건축구역으로 지정할 수 있다.

제1항에 따른 특별건축구역의 지정 및 그 절차 등에 관하여는 「건축법」 제69조부터 제77조까지를 준용한다.

혁신사업 또는 전략산업을 위하여 「건축법」 제84조에도 불구하고 처마, 차양 등 돌출된 부분이 있는 공장(규제자유특구에 위치하는 공장에 한정한다)의 건축면적 산정기준을 대통령령으로 달리 정할 수 있다.

기획예산처장관은 규제자유특구 내 혁신사업 또는 전략산업과 관련 사업의 활성화를 위하여 신규 사업(규제자유특구에서 시행되는 사업에 한정한다) 중 사업목적, 규모, 추진방안 등 구체적인 사업계획이 수립되어 규제자유특구위원회의 심의ㆍ의결을 거친 경우에는 「국가재정법」 제38조제1항에 따른 예비타당성조사를 최대한 단축하여 처리하여야 한다. <개정 2025.10.1>

공공기관의 장은 규제자유특구 내 혁신사업 또는 전략산업과 관련하여 시행하는 신규 투자사업 또는 자본출자(규제자유특구에서 시행되는 사업 또는 출자에 한정한다) 중 사업목적, 규모, 추진방안 등 구체적인 사업계획이 수립되어 규제자유특구위원회의 심의ㆍ의결을 거친 경우에는 「공공기관의 운영에 관한 법률」 제40조제3항에 따른 예비타당성 조사를 최대한 단축하여 처리하여야 한다.

국가 및 지방자치단체는 규제자유특구 내 혁신사업 또는 전략산업의 육성을 위하여 조세를 감면할 수 있다.

국가 및 지방자치단체는 규제자유특구 내 혁신사업 또는 전략산업의 육성을 위하여 필요한 경우 관련 법률에서 정하는 바에 따라 규제자유특구 내 규제자유특구사업자에 대하여 다음 각 호의 부담금을 감면할 수 있다. <개정 2024.2.6>

중소벤처기업부장관은 규제자유특구 내 혁신사업 또는 전략산업등의 육성에 필요한 국제협력을 촉진하기 위하여 다음 각 호의 사항에 관한 시책을 추진할 수 있다.

제1항에 따른 시책의 추진에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제99조부터 제107조까지의 인ㆍ허가절차 특례는 규제자유특구에서 다음 각 호의 사업을 지정ㆍ변경하거나, 해당 사업의 개발계획, 지역개발사업계획 또는 실시계획, 조성계획 등을 수립ㆍ승인ㆍ변경(이하 "사업인ㆍ허가"라 한다)하는 절차에 적용된다. 이 경우 적용 대상은 승인된 규제자유특구계획에 포함된 것으로 관계 중앙행정기관의 장이 필요성을 인정한 사업에 한정한다.

제1항 각 호에 따른 사업인ㆍ허가 절차와 관련하여 이 법으로 정하는 사항 이외의 사항은 해당 개발사업에 관한 법률의 규정에 따른다.

제98조제1항 각 호에 따른 사업인ㆍ허가를 위하여 국토교통부장관은 중앙통합심의위원회, 시ㆍ도지사 또는 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 지방통합심의위원회의 심의를 거칠 수 있다.

사업시행자는 중앙통합심의위원회 또는 지방통합심의위원회에 최종의견서를 제출할 수 있으며, 중앙통합심의위원회 또는 지방통합심의위원회는 제98조제1항 각 호에 따른 사업인ㆍ허가에 관한 사항, 사업시행자의 최종의견서 등을 종합적으로 검토하여 승인 등의 여부를 심의한다.

중앙통합심의위원회 또는 지방통합심의위원회의 심의를 거친 경우에는 다음 각 호에서 정한 심의회 및 위원회의 심의를 받거나 거친 것으로 본다.

「환경영향평가법」 제18조제1항에도 불구하고 제98조제1항 각 호에 따른 사업인ㆍ허가에 대하여 전략환경영향평가 협의를 요청받은 행정기관의 장은 그 협의요청을 받은 날부터 30일 이내에 지정권자에게 전략환경영향평가 협의에 대한 의견을 통보하여야 한다.

「환경영향평가법」 제29조에도 불구하고 제98조제1항 각 호에 따른 사업인ㆍ허가에 대하여 환경영향평가서의 협의를 요청받은 행정기관의 장은 환경영향평가서를 접수한 날부터 45일 이내에 지정권자에게 평가협의에 대한 의견을 통보하여야 한다.

제1항 및 제2항에 따른 협의기간 산정 시 협의기관의 장은 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우 지정권자 또는 사업시행자에게 관련 서류의 보완을 한 차례만 요청할 수 있으며, 지정권자 또는 사업시행자가 관련 서류를 보완하는 기간은 협의기간에 포함하지 아니한다. 다만, 동일한 보완사항에 대하여 중대한 미비로 협의가 어려워 재보완을 요구하는 경우에는 보완 횟수에 포함하지 아니한다.

지정권자는 「환경영향평가법」에 따른 전략환경영향평가 및 환경영향평가를 실시하는 경우 협의기관의 장과 협의하여 해당 사업으로 인한 환경영향을 연 2회 이하 조사할 수 있다.

제98조제1항 각 호에 따른 법률의 규정에 따라 사업인ㆍ허가가 고시된 때(관계 기관의 장과 협의를 거친 경우로 한정한다)에는 「공유수면 관리 및 매립에 관한 법률」 제22조 및 제27조에 따라 공유수면매립 기본계획이 수립 또는 변경된 것으로 본다.

지정권자는 제1항에 따라 공유수면매립 기본계획을 수립 또는 변경하는 내용을 포함하는 제98조제1항 각 호에 따른 사업인ㆍ허가(관계 기관의 장과 협의를 거친 경우로 한정한다)를 하고자 하는 경우에는 해양수산부장관과 협의하여야 한다.

규제자유특구 내 혁신사업 또는 전략산업과 관련하여 폐기물처리업을 하려는 자는 「폐기물관리법」 제25조에도 불구하고 기후에너지환경부장관 또는 시ㆍ도지사와의 협의를 거쳐 허가를 받지 아니하고 같은 조 제5항제5호부터 제7호까지에 따른 폐기물처리업을 할 수 있다. <개정 2025.10.1>

규제자유특구 내 혁신사업 또는 전략산업과 관련하여 폐기물처리시설을 설치ㆍ운영하려는 자는 「폐기물관리법」 제29조제2항 및 제4항에도 불구하고 기후에너지환경부장관과의 협의를 거쳐 승인을 받거나 신고를 하지 아니하고 폐기물 재활용시설을 설치ㆍ운영할 수 있다. <개정 2025.10.1>

제1항에 따라 폐기물처리업을 하거나 제2항에 따라 폐기물 재활용시설을 설치ㆍ운영하는 자는 「폐기물관리법」 제2조의2에도 불구하고 기후에너지환경부장관과 협의를 거쳐 폐기물의 종류 및 재활용 유형을 달리하여 재활용할 수 있다. <개정 2025.10.1>

규제자유특구 내 혁신사업 또는 전략산업등이 「대도시권 광역교통 관리에 관한 특별법」 제7조의2제1항에 따른 대규모 개발사업에 해당하는 경우에는 국토교통부장관이 광역교통 개선대책을 수립할 수 있다. 이 경우 규제자유특구 내 사업시행자로부터 광역교통 개선대책 수립에 관한 의견을 제출받을 수 있다.

국토교통부장관이 제1항에 따른 광역교통 개선대책을 수립할 때에는 규제자유특구 관할 시ㆍ도지사의 의견을 들은 후 대책을 확정하여 해당 시ㆍ도지사에게 통지하여야 한다.

규제자유특구 관할 시ㆍ도지사는 제2항에 따른 의견을 요청받은 날부터 30일 이내에 의견을 제출하여야 하며, 그 기간 내에 의견을 제출하지 아니하면 의견이 없는 것으로 본다.

규제자유특구 내에 조성되는 도시첨단산업단지(「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제2조제8호다목에 따른 도시첨단산업단지를 말한다)의 경우 산업시설의 면적이 100분의 50 이상인 복합용지(같은 법 제2조제7호의3에 따른 복합용지를 말한다)가 해당 도시첨단산업단지의 유상공급면적에서 차지하는 비율은 같은 법 제6조제8항에도 불구하고 대통령령으로 달리 정할 수 있다.

「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제8조의2제1항에 따른 산업단지지정권자가 같은 항 각 호 외의 부분 본문에 따라 산업단지 지정이 제한되는 지방자치단체의 규제자유특구 내에서 산업단지를 지정하려는 경우에는 같은 항 제2호에도 불구하고 입주 수요를 확인하는 방법을 대통령령으로 달리 정할 수 있다.

규제자유특구 내에 조성되는 산업단지(「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제2조제8호에 따른 산업단지를 말한다)의 경우 같은 법에 따른 산업단지지정권자는 같은 법 제2조제7호의2에도 불구하고 「항공사업법」 제2조제17호가목에 따른 항공기정비업이 산업단지 내의 산업시설용지에 입주할 수 있도록 산업단지개발계획을 수립 또는 변경하거나, 산업단지개발실시계획을 승인(변경을 포함한다)할 수 있다.

비수도권 시ㆍ도지사는 규제자유특구 내 혁신사업 또는 전략산업과 관련하여 「자동차관리법」 제27조제1항 단서에도 불구하고 자율주행자동차를 시험ㆍ연구목적으로 운행하려는 자가 시ㆍ도 조례로 정하는 안전운행요건을 갖춘 경우 임시운행을 허가할 수 있다.

제1항에 따라 임시운행을 위한 시ㆍ도 조례를 제정ㆍ개정할 경우에는 국토교통부장관과 사전에 협의하여야 하며, 임시운행허가의 신청을 받은 시ㆍ도지사는 시ㆍ도 조례로 정하는 바에 따라 이를 허가하고 임시운행허가증 및 임시운행허가번호판을 발급하여야 한다.

규제자유특구 내 규제자유특구사업자는 농업 관련 혁신사업 또는 전략산업을 위하여 「농지법」 제32조에도 불구하고 농업진흥구역에서 변경된 농업보호구역에 대통령령으로 정하는 농업 관련 산업시설을 설치할 수 있다.

규제자유특구 내 규제자유특구사업자는 탄소섬유 관련 혁신사업 또는 전략산업을 위하여 「농지법」 제32조에도 불구하고 농업진흥구역에서 변경된 농업보호구역에 대통령령으로 정하는 농기계 탄소부품 제조업 관련 시설을 설치할 수 있다.

지방자치단체의 장은 「공유재산 및 물품 관리법」 제29조에도 불구하고 규제자유특구 내 지방자치단체 소유재산 중 「종자산업법」 제13조에 따른 종자기술연구단지 개발사업의 시행으로 조성된 재산에 대하여 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 업체 또는 기관 등에게 수의계약으로 매각할 수 있다. 다만, 당초 목적으로 사용하지 않을 경우 계약을 취소할 수 있다.

규제자유특구 내 혁신사업 또는 전략산업과 관련하여 「마리나항만의 조성 및 관리 등에 관한 법률」 제2조제1호에 따른 마리나항만 및 「체육시설의 설치ㆍ이용에 관한 법률」 제5조의 전문체육시설(요트장에 한정한다) 관련 부대사업(「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제2조제9호에 따른 부대사업을 말한다) 시설에 대해서는 「공유재산 및 물품 관리법」 제21조제1항 단서에서 정하고 있는 기간을 적용하지 아니할 수 있다. <개정 2024.2.6>

식품의약품안전처장 또는 규제자유특구 관할 시ㆍ도지사가 화장품의 품질 및 안전 등을 관리하는 전담인력(이하 "공동품질관리자"라 한다)을 고용하는 경우 화장품책임판매업자는 「화장품법」 제3조제3항에도 불구하고 책임판매관리자를 두지 아니할 수 있다. 이 경우 공동품질관리자의 관리범위 등 세부적인 사항은 대통령령으로 정한다.

규제자유특구 내 혁신사업 또는 전략산업과 관련한 제조업자ㆍ학교ㆍ연구소는 「화장품법」 제4조에 따른 기능성화장품의 심사를 식품의약품안전처장에게 신청할 수 있다.

규제자유특구 내 화장품책임판매업자가 제1항에 따른 공동품질관리자에게 생산실적 또는 수입실적, 화장품의 제조과정에 사용된 원료의 목록 등의 보고에 필요한 서류를 제출하는 경우 「화장품법」 제5조제4항을 적용하지 아니할 수 있다.

규제자유특구에서 유통되는 화장품의 포장에 대통령령으로 정하는 바에 따라 바코드 등을 기재ㆍ표시하는 경우에는 「화장품법」 제10조를 적용하지 아니할 수 있다.

규제자유특구 내 혁신사업 또는 전략산업과 관련하여 살아있는 나무를 건축물의 기초로 이용한 숙박시설을 설치ㆍ운영하는 경우 시ㆍ도 조례로 그 설치ㆍ운영에 관한 기준 및 절차를 정할 수 있다.

제1항에 따른 숙박시설은 「공중위생관리법」의 적용을 받지 아니한다.

규제자유특구 내에서는 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제50조에도 불구하고 「건축법」 제11조제1항에 따른 건축허가를 할 수 있으며, 해당 건축허가를 할 때 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제13조에 따른 공장설립승인에 관하여 시장ㆍ군수 또는 구청장과 협의한 경우에는 해당 승인을 받은 것으로 본다.

규제자유특구 내 조성되는 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」에 따른 산업단지에는 같은 법 제2조제11호에도 불구하고 공공시설의 범위를 대통령령으로 따로 정한다.

「산업입지 및 개발에 관한 법률」 제6조에 따라 지정된 국가산업단지 중 농림축산식품부장관이 관리권을 위탁받은 국가산업단지에 대하여는 「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」 제30조제2항에도 불구하고 「식품산업진흥법」 제12조의2에 따라 설립된 한국식품산업클러스터진흥원을 관리기관으로 한다. <개정 2020.2.11>

규제자유특구 내 혁신사업 또는 전략산업과 관련하여 대통령령으로 정하는 종류 및 규모 이하의 발전설비로 전기를 생산하여 전력시장을 통하지 않고 같은 섬 안의 전기사용자에게 공급하려는 사업자(이하 이 조에서 "민간전기공급사업자"라 한다)는 「농어촌 전기공급사업 촉진법」 제18조제1항에 따른 자가발전시설에 의하여 전기를 공급하는 지역으로서 10호(戶) 이상의 집단거주지역에 대하여는 같은 법 제20조제3항에도 불구하고 시장(「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」 제11조제2항에 따른 행정시장을 포함한다. 이하 같다)ㆍ군수와 협의한 후 대통령령으로 정하는 기준에 따라 자가발전시설을 인수하여 전기를 공급할 수 있다. 다만, 민간전기공급사업자에게는 「농어촌 전기공급사업 촉진법」 제20조제4항을 적용하지 아니한다.

민간전기공급사업자의 전기요금 등 공급조건, 송전ㆍ배전용 전기설비의 이용요금과 그 밖의 이용조건은 대통령령으로 정한다.

규제자유특구 내에서 「한국관광공사법」에 따른 한국관광공사 또는 「지방공기업법」 제3조제1항에 따른 지방직영기업, 지방공사 및 지방공단이 조성하는 관광단지(「관광진흥법」 제2조제7호에 따른 관광단지 중 총면적 200만제곱미터 이상인 것을 말한다)에는 「주택법」에 따른 단독주택 또는 공동주택(아파트는 제외한다)을 포함하여 조성계획을 수립ㆍ승인ㆍ변경할 수 있다. 이 경우 조성할 수 있는 주택호수(공동주택은 세대수를 말한다), 층수, 토지면적 등은 대통령령으로 정하는 요건에 적합하여야 한다.

관광단지 사업시행자는 제1항에 따른 주택조성으로 인하여 발생되는 이익의 전부 또는 일부를 대통령령으로 정하는 바에 따라 관광시설 용지 분양가격 인하와 지원시설이나 공공시설의 설치 등의 용도로 사용하여야 한다.