이 법은 지역특화발전특구 및 규제자유특구에 규제특례등을 적용할 때 다른 법률에 우선하여 적용한다. 다만, 다른 법률에 이 법의 규제특례등보다 완화된 규정이 있으면 그 법률에서 정하는 바에 따른다.

이 법에 따라 규제특례등을 적용받는 사항은 이 법에서 정한 것을 제외하고는 규제의 근거법률(해당 사항에 관하여 규제특례등이 인정되지 아니하는 경우에 적용되는 법률을 말한다. 이하 같다)을 적용한다.

지역특화발전특구 및 규제자유특구에서의 특화사업 및 혁신사업 또는 전략산업등에 대하여 이 법의 규제특례등을 변경하는 등의 내용으로 다른 법률을 제정ㆍ개정하는 경우에는 이 법의 목적과 제4조 각 항의 원칙에 맞도록 하여야 한다.

국가와 지방자치단체는 국가발전 및 지역경제 활성화를 위하여 혁신사업 또는 전략산업등을 허용하는 것을 원칙으로 한다. 다만, 신기술을 활용하는 사업이 국민의 생명ㆍ안전에 위해가 되거나 환경을 현저히 저해하는 경우에는 이를 제한할 수 있다.

국가와 지방자치단체는 혁신사업 또는 전략산업등과 관련한 소관 법령 및 제도를 제1항의 원칙에 부합하게 정비하는 방안을 강구하여야 한다.

시장(「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」에 따른 행정시장을 포함하고 「세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법」에 따른 세종특별자치시장도 해당하는 것으로 본다. 이하 제2장에서 같다)ㆍ군수ㆍ구청장(자치구의 구청장을 말한다. 이하 같다)은 특화사업을 추진하려면 제9조에 따른 지역특화발전특구계획(이하 "특화특구계획"이라 한다)을 작성하여 중소벤처기업부장관에게 지역특화발전특구(이하 "특화특구"라 한다) 지정을 신청하여야 한다. <개정 2024.2.6>

제1항에도 불구하고 시(「제주특별자치도 설치 및 국제자유도시 조성을 위한 특별법」에 따른 행정시를 포함하고 「세종특별자치시 설치 등에 관한 특별법」에 따른 세종특별자치시도 해당하는 것으로 본다. 이하 제2장에서 같다)ㆍ군ㆍ구와 다른 지방자치단체가 공동으로 특화사업을 추진하려면 시장ㆍ군수ㆍ구청장과 다른 지방자치단체의 장이 공동으로 특화특구계획을 작성하여 특화특구지정을 신청하여야 한다. <개정 2024.2.6>

시장ㆍ군수ㆍ구청장은 제1항 또는 제2항에 따라 특화특구지정을 신청한 경우 그 특화특구계획을 관할 특별시장, 광역시장, 도지사 또는 특별자치도지사(이하 "시ㆍ도지사"라 한다)에게 알려야 한다.

제3항에 따라 통보를 받은 시ㆍ도지사는 그 특화특구계획에 관한 의견을 중소벤처기업부장관 또는 제12조에 따른 지역특화발전특구위원회에 제출할 수 있다.

민간기업ㆍ법인ㆍ단체 또는 개인(이하 "민간기업등"이라 한다)은 특화특구계획을 해당 특화특구지역을 관할하는 시장ㆍ군수ㆍ구청장에게 제안할 수 있다.

민간기업등이 제안하는 특화특구계획에는 제9조제1항 각 호의 사항이 포함되어야 한다. 이 경우 특화특구계획의 제안자는 제8조제1항에 따른 특화사업자의 지정을 신청한 것으로 본다.

제1항에 따라 특화특구계획을 제안받은 소관 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 다음 각 호의 사항을 고려하여 특화특구지정의 필요성이 인정될 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 특화특구계획에 반영하여 중소벤처기업부장관에게 특화특구지정을 신청하여야 한다.

지방자치단체의 장은 특화특구의 지정을 신청하려면 대통령령으로 정하는 바에 따라 미리 특화특구계획을 작성하여 20일 이상 공고하고, 공청회를 열어 주민ㆍ기업ㆍ관계전문가 등으로부터 의견을 들어야 한다.

지방자치단체의 장은 특화특구의 지정을 신청하려면 특화특구계획에 대하여 지방의회의 의견을 들어야 한다.

제7조제1항에 따라 공고된 특화특구계획에 따른 특화사업을 하려는 자는 특화특구의 지정을 신청하는 지방자치단체[제5조제2항에 따라 특별시ㆍ광역시ㆍ특별자치시ㆍ도ㆍ특별자치도(이하 "시ㆍ도"라 한다)와 그 관할 구역의 시ㆍ군ㆍ구가 공동으로 신청하는 경우에는 시ㆍ군ㆍ구를 말하며, 그 밖에 공동으로 신청하는 경우에는 관할 지방자치단체를 말한다. 이하 "신청지방자치단체"라 한다]의 장에게 특화사업자의 지정을 신청하여야 한다.

신청지방자치단체의 장은 제1항에 따라 특화사업자의 지정을 신청받으면 30일 이내에 신청자를 특화사업자로 특화특구계획에 포함시킬 것인지를 결정하여 통보하여야 한다.

제1항 및 제2항에서 규정한 사항 외에 특화사업자의 지정신청 방법 및 그 결정ㆍ통보절차 등에 필요한 사항은 중소벤처기업부령으로 정한다.

특화특구계획에는 다음 각 호의 사항이 포함되어야 한다.

신청지방자치단체의 장은 특화특구의 지정을 신청할 때 특화특구토지이용계획을 제출하기 어려우면 특화특구지정 고시일부터 2년 이내에 특화특구토지이용계획을 중소벤처기업부장관에게 제출하여 승인을 받아야 한다.

제2항에 따른 특화특구토지이용계획의 승인에 관하여는 제11조를 준용한다. 이 경우 "특화특구"는 "특화특구토지이용계획"으로, "지정"은 "승인"으로 본다.

중소벤처기업부장관은 제출된 특화특구계획의 내용 중 「환경영향평가법」 제9조에 따른 전략환경영향평가 대상이 되는 개발사업이 포함되어 있으면 제11조제1항에 따른 협의 시 기후에너지환경부장관과 협의하여야 한다. 기후에너지환경부장관과 협의를 하였으면 「환경영향평가법」에 따라 전략환경영향평가 협의를 한 것으로 본다. <개정 2025.10.1>

신청지방자치단체의 장이 「환경영향평가법」 제9조에 따른 전략환경영향평가 대상이 되는 개발사업을 포함한 특화특구계획을 제출할 때에는 「환경영향평가법」 제16조에 따른 전략환경영향평가서를 함께 제출하여야 한다.

중소벤처기업부장관은 관계 행정기관의 장(합의제 행정기관을 포함한다. 이하 같다)과의 협의 및 제12조에 따른 지역특화발전특구위원회의 심의ㆍ의결을 거쳐 특화특구를 지정한다.

중소벤처기업부장관은 제1항에 따라 특화특구를 지정한 경우 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 내용을 관보에 고시하고, 해당 시장ㆍ군수ㆍ구청장, 관할 시ㆍ도지사 및 관계 행정기관의 장에게 지체 없이 통지하여야 한다. 이 경우 지형도면의 고시 등에 관하여는 「토지이용규제 기본법」 제8조에 따른다.

제2항에 따라 통지를 받은 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 그 내용을 14일 이상 주민이 열람할 수 있도록 하여야 한다.

제1항부터 제3항까지에서 규정한 사항 외에 특화특구의 지정에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

다음 각 호의 사항을 심의ㆍ의결하기 위하여 중소벤처기업부에 지역특화발전특구위원회(이하 "특화특구위원회"라 한다)를 둔다.

특화특구위원회는 위원장 1명, 부위원장 2명, 당연직 위원과 10명 이내의 위촉위원으로 구성한다.

특화특구위원회 위원장은 중소벤처기업부장관이 되고, 특화특구위원회 부위원장은 국토교통부장관이 지명하는 국토교통부차관과 제2항에 따른 위촉위원 중 호선(互選)하는 사람이 된다.

당연직 위원은 규제특례 및 특화특구와 관련된 중앙행정기관의 차관 또는 차관급 공무원과 그 밖에 대통령령으로 정하는 사람이 된다.

위촉위원은 특화사업과 지방행정에 관한 지식과 경험이 풍부한 사람 중에서 특화특구위원회 위원장이 위촉한다.

제1항 각 호의 사항을 사전에 검토하고, 관계 행정기관의 협조사항을 정리하기 위하여 특화특구위원회에 실무위원회를 둔다.

제1항부터 제6항까지에서 규정한 사항 외에 특화특구위원회와 실무위원회의 구성 및 운영에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제11조제1항 및 제2항에 따른 특화특구의 지정 및 고시가 있으면 특화특구계획의 승인을 받은 것으로 보며, 특화사업자의 지정을 신청한 자로서 특화특구계획에 포함된 자는 특화사업자로 지정된 것으로 본다.

신청지방자치단체의 장은 민자유치가 필요하다고 인정되면 제1항 및 제8조제1항ㆍ제2항에도 불구하고 제11조제1항에 따라 특화특구가 지정된 후에 특화사업자의 지정신청을 받아 제16조제1항에 따라 특화특구계획의 내용 변경을 중소벤처기업부장관에게 신청할 수 있다.

제2장제2절의 규제특례는 특화특구 및 특화사업자에 대하여 특화특구계획 및 제18조에 따른 조례에 정하여진 내용에 따라 적용한다.

관계 중앙행정기관의 장은 규제특례의 적용상황 및 이에 따른 성과에 대하여 2년에 1회 이상 조사를 하고 그 결과를 특화특구위원회에 보고하여야 한다.

관계 중앙행정기관의 장은 규제특례의 적용상황에 대한 조사기준 등을 특화특구위원회의 심의ㆍ의결을 거쳐 확정하고 특화특구로 지정ㆍ고시된 지역을 관할하는 시ㆍ군ㆍ구(이하 "특화특구관할지방자치단체"라 한다)의 장에게 통지하여야 한다.

관계 중앙행정기관의 장은 제1항에 따른 조사를 한 결과 제16조제2항 각 호의 어느 하나(제5호는 제외한다)에 해당한다고 인정하면 중소벤처기업부장관에게 특화특구계획의 변경 또는 특화특구의 지정해제를 요청할 수 있다.

중소벤처기업부장관은 제1항에 따른 조사를 한 결과 해당 규제특례를 적용할 때에 문제점이 없다고 판단되면 규제특례가 적용되는 해당 개별법의 규제를 개선하도록 관계 행정기관에 요청할 수 있다.

특화특구관할지방자치단체의 장은 특화특구의 지정을 해제하거나 승인된 특화특구계획의 내용을 변경하려면 제5조부터 제8조까지를 준용하여 중소벤처기업부장관에게 신청하여야 한다. 다만, 특화특구의 지정을 해제하거나 특화특구계획을 변경할 때에 취소 또는 추가되는 규제특례가 지역주민의 재산권 행사 등을 제한하지 아니하거나 제62조부터 제65조까지의 규제특례가 포함되지 아니한 경우 제7조와 제8조에서 정한 절차를 생략할 수 있다. <개정 2022.1.4>

중소벤처기업부장관은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하면 특화특구위원회의 심의ㆍ의결을 거쳐 특화특구의 지정을 해제하거나 특화특구계획의 내용을 변경할 수 있다. 다만, 제6호에 해당하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경미한 사항을 변경하고자 하는 경우에는 특화특구위원회의 심의ㆍ의결을 거치지 아니한다. <개정 2022.1.4>

제2항(제5호와 제6호의 경우는 제외한다)에 따라 특화특구 지정이 해제된 지역을 관할하는 시ㆍ군ㆍ구는 3년의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간 내에는 이 법에 따른 특화특구로 지정될 수 없다.

제1항부터 제3항까지에서 규정한 사항 외에 특화특구의 지정해제 절차 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

이 법에 따라 제정되는 조례는 제16조제2항에 따라 특화특구의 지정이 해제되거나 특화특구계획의 내용이 변경되어 규제특례의 적용이 중지되면 그 효력을 상실한다.

특화특구의 지정이 해제되거나 제16조제2항에 따라 특화특구계획의 내용이 변경되어 관련 특화특구의 지정내용이 취소되면 이 법에 따라 인정된 규제특례 및 그에 따른 허가ㆍ인가ㆍ승인 등은 그 효력을 상실한다. 다만, 1년의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간 내에 규제의 근거법률에 따라 같은 내용의 허가ㆍ인가ㆍ승인 등을 받은 경우에는 그러하지 아니하다.

특화특구관할지방자치단체의 장 및 특화사업자는 제2항 본문에 따라 특화특구 또는 특화사업과 관련된 규제특례와 허가ㆍ인가ㆍ승인 등의 효력이 상실되면 1년의 범위에서 대통령령으로 정하는 기간 내에 규제특례 또는 그 허가ㆍ인가ㆍ승인 등에 따라 설치한 광고물ㆍ시설물 등을 해당 규제의 근거 법령에 적합하게 변경하거나 철거하여야 한다. 다만, 변경 또는 철거하기 매우 곤란하거나 실익이 없는 경우 등 대통령령으로 정하는 경우에는 그러하지 아니하다.

특화특구관할지방자치단체는 이 법 및 대통령령으로 정하는 바에 따라 특화특구의 운영 및 특화사업의 시행에 필요한 사항에 대하여 조례를 제정ㆍ개정ㆍ폐지할 수 있다.

특화특구관할지방자치단체가 제정ㆍ개정ㆍ폐지하는 조례는 이 법의 목적과 내용 및 제14조에 따라 승인된 특화특구계획과 부합하여야 한다.

특화특구관할지방자치단체가 제1항에 따라 조례를 제정ㆍ개정 또는 폐지하는 경우 특화특구관할지방자치단체의 장은 이를 중소벤처기업부장관과 관계 행정기관의 장에게 통보하여야 한다.

정부와 특화특구관할지방자치단체는 특화특구의 발전과 활성화를 위하여 노력하여야 한다.

중소벤처기업부장관과 관계 행정기관의 장은 특화특구계획의 작성, 특화특구의 지정 및 운영과 관련하여 필요한 정보제공 등의 지원을 할 수 있다.

특화특구관할지방자치단체의 장은 특화특구의 운영과 규제특례의 적용에 관하여 관계 행정기관의 장에게 필요한 조언을 구할 수 있으며, 관계 행정기관의 장은 이에 성실하게 협조하여야 한다.

중소벤처기업부장관은 관계 행정기관의 장에게 지역에 대한 재정지원정책의 수립과 관련하여 특화특구위원회에서 필요하다고 인정하는 특화사업을 우선적으로 고려할 것을 권고할 수 있다.

특화특구관할지방자치단체의 장 및 관할 시ㆍ도지사는 특화특구에 관한 다음 각 호의 사항을 협의하기 위하여 지역협의회를 둘 수 있다.

제1항에 따른 지역협의회의 구성ㆍ운영 등에 필요한 사항은 중소벤처기업부령으로 정한다.

중소벤처기업부장관과 관계 행정기관의 장 및 특화특구관할지방자치단체의 장은 특화특구 및 인근 지역의 토지ㆍ건물 등 부동산의 가격안정을 위하여 필요한 조치를 취하여야 한다.

지방자치단체의 장은 특화특구의 신청 또는 지정으로 인하여 부동산투기 또는 부동산가격 급등이 우려되는 지역에 대하여 관계 중앙행정기관의 장 및 시ㆍ도지사에게 다음 각 호의 조치를 요청하여야 한다.

특화특구관할지방자치단체의 장은 특화특구운영의 성과에 관한 보고서를 매년 중소벤처기업부장관에게 제출하여야 한다.

보고서의 제출시기, 방법 등에 필요한 사항은 중소벤처기업부령으로 정한다.

중소벤처기업부장관은 제23조제1항에 따른 보고서를 고려하여 특화특구위원회의 심의ㆍ의결을 거쳐 특화특구운영의 매년도 성과를 평가한다.

중소벤처기업부장관은 제1항에 따른 평가를 제23조제1항에 따른 보고서의 제출시기가 종료된 후 180일 이내에 완료하여야 한다. 다만, 부득이한 사정이 있는 경우에는 60일의 범위에서 그 기간을 연장할 수 있다.

중소벤처기업부장관은 제1항에 따른 평가결과를 공개하여야 한다.

제3항에 따른 평가결과 공개의 방법과 그 밖에 특화특구위원회의 평가에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

중소벤처기업부장관은 특화특구의 운영성과를 평가한 결과 특화특구의 활성화 및 경쟁력 제고가 필요하다고 인정되면 특화특구관할지방자치단체의 장에게 특화특구의 유형 전환, 경영기법 또는 생산방법의 개선, 산ㆍ학ㆍ연 간 협업 등 특화특구의 구조고도화를 권고하고 특화특구의 구조고도화계획을 수립하여 제출하게 할 수 있다.

중소벤처기업부장관은 제1항에 따라 제출된 특화특구의 구조고도화계획을 추진하는 데 필요한 지원을 할 수 있다.

제1항 및 제2항에서 규정한 사항 외에 특화특구의 구조고도화를 위하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

중소벤처기업부장관은 제24조에 따른 평가의 결과가 우수한 특화특구관할지방자치단체에 대하여 포상금을 지급할 수 있다.

제1항에 따른 포상금의 지급 기준, 방법 및 절차 등에 필요한 사항은 중소벤처기업부령으로 정한다.

중소벤처기업부장관은 대통령령으로 정하는 바에 따라 규제특례가 필요한 규제 및 특화특구운영에 필요한 사항에 대하여 연 1회 이상 수요조사를 하여야 한다.

중소벤처기업부장관과 관계 행정기관의 장은 제1항에 따른 조사결과를 검토하고 필요한 조치를 하여야 한다.

제1항과 제2항에 따른 수요조사 및 조사결과의 검토에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

교육 관련 특화사업을 하는 특화특구관할지방자치단체는 「초ㆍ중등교육법」 제3조에도 불구하고 교육감의 인가를 받아 공립학교(설립주체에 따라 시립학교ㆍ군립학교ㆍ구립학교로 구분할 수 있다)를 설립하여 운영할 수 있다.

제1항에 따라 설립되는 학교에 대하여는 「초ㆍ중등교육법」 제4조제1항에도 불구하고 설비ㆍ시설 등 설립기준에 관하여 필요한 사항을 시ㆍ도의 조례로 정할 수 있다.

제1항에 따라 설립되는 학교에 대하여는 「초ㆍ중등교육법」 제19조제4항에도 불구하고 대통령령으로 교원의 정원 및 배치기준을 달리 정할 수 있다.

제1항에 따라 설립되는 학교는 「초ㆍ중등교육법」 제2조에 따른 학교로 본다.

제28조제1항에 따라 설립되는 학교에 근무하는 교원은 「지방공무원법」 제2조제2항제2호에 따른 지방공무원으로 본다.

제1항에 따른 교원의 자격ㆍ임용ㆍ보수ㆍ연수ㆍ신분보장ㆍ징계 및 소청에 관하여는 「교육공무원법」을 준용한다. 다만, 「교육공무원법」 제29조의2제1항ㆍ제8항 및 제30조에도 불구하고 교장과 그 밖의 교원은 특화특구관할지방자치단체의 장이 임용한다.

교육 관련 특화사업을 하는 특화사업자(초ㆍ중등교육법령에 따른 학교만 해당한다)는 외국어 전문교육을 위하여 「초ㆍ중등교육법」 제21조에도 불구하고 대통령령으로 정하는 자격요건을 갖춘 외국인을 외국어 교원 및 강사로 임용할 수 있다.

교육 관련 특화사업을 하는 특화특구에서 「초ㆍ중등교육법」 제61조에 따른 특례를 적용받는 학교 또는 교육과정을 운영하려는 학교의 장은 특화특구관할지방자치단체의 장의 추천으로 관할 교육감의 지정을 받아야 한다. 다만, 이 학교는 5년 이내로 지정ㆍ운영하되, 교육감이 정하는 바에 따라 연장하여 운영할 수 있다.

「출입국관리법」 제8조 및 제10조에도 불구하고 특화사업을 하거나 특화사업에 종사하는 외국인에 대한 사증(査證) 발급의 절차 및 1회에 줄 수 있는 체류자격별 체류기간 상한을 대통령령으로 달리 정할 수 있다.

외국인이 제1항을 적용받아 「출입국관리법」에 따른 사증 발급신청 등을 하려면 대통령령으로 정하는 바에 따라 특화특구관할지방자치단체의 장의 확인을 받아야 한다.

「군사기지 및 군사시설 보호법」 제2조제6호에 따른 군사기지 및 군사시설 보호구역에서 하는 특화사업은 같은 법 제13조에 따라 국방부장관 또는 관할부대장등과 협의한 것으로 본다.

제1항에 따른 특례를 적용할 지역의 구체적인 위치와 면적 및 경계, 그 지역에 설치할 수 있는 건축물의 높이, 그 밖에 필요한 세부사항은 특화특구계획에 포함되어야 한다.

특화특구관할지방자치단체의 장은 특화사업을 위하여 필요하면 시ㆍ도경찰청장 또는 경찰서장에게 차마(車馬) 또는 노면전차의 도로통행 금지 또는 제한 등의 조치를 하여줄 것을 요청할 수 있다. <개정 2020.12.22>

제1항에 따라 조치를 요청받은 시ㆍ도경찰청장 또는 경찰서장은 「도로교통법」 제6조에도 불구하고 특별한 사유가 없으면 지체 없이 필요한 조치를 하여야 한다. <개정 2020.12.22>

특화특구관할지방자치단체는 「옥외광고물 등의 관리와 옥외광고산업 진흥에 관한 법률」 제3조제3항에도 불구하고 특화사업의 효과적인 광고를 위하여 광고물 등의 종류ㆍ모양ㆍ크기ㆍ색깔ㆍ표시 또는 설치방법 및 기간 등 광고물 등의 표시ㆍ설치의 허가 또는 신고의 기준에 관하여 필요한 사항을 조례로 정할 수 있다.

특화특구관할지방자치단체는 「옥외광고물 등의 관리와 옥외광고산업 진흥에 관한 법률」 제4조에도 불구하고 광고물 등의 표시ㆍ설치의 금지 또는 제한에 관하여 필요한 사항을 조례로 정할 수 있다.

특화특구관할지방자치단체(「농어촌정비법」 제17조에 따른 농업생산기반시설관리자인 경우만 해당한다)는 「농어촌정비법」 제24조제1항에도 불구하고 특화사업을 위하여 필요하면 시ㆍ도지사의 승인을 받지 아니하고 농업생산기반시설을 폐지할 수 있다.

특화특구관할지방자치단체는 특화사업을 위하여 필요하면 「농어촌정비법」 제61조에도 불구하고 생활환경정비사업 시행계획을 변경할 수 있다.

특화특구관할지방자치단체는 특화사업을 위하여 필요하면 「농어촌정비법」 제81조제2항에도 불구하고 대통령령으로 정하는 범위에서 특화사업으로 하는 농어촌 관광휴양사업의 규모 및 시설기준을 조례로 달리 정할 수 있다.

「농어촌정비법」 제94조제1항에 따라 한계농지등 정비지구로 지정ㆍ고시된 지역에서는 같은 법 제92조 각 호의 시설 외에 특화사업을 위하여 필요한 시설을 설치할 수 있다.

농지소유자는 특화사업을 위하여 필요하면 「농지법」 제9조에도 불구하고 농지를 위탁하여 경영할 수 있다.

특화사업자는 특화사업을 위하여 필요하면 「농지법」 제23조에도 불구하고 농지를 임대하거나 사용대(使用貸)할 수 있다.

특화사업자는 특화사업을 위하여 필요하면 「농지법」 제32조에도 불구하고 농업진흥구역 및 농업보호구역에 농림축산식품부장관이 정하여 고시하는 시설을 설치할 수 있다.

특화특구관할지방자치단체는 특화사업을 위하여 필요하면 「농지법」 제36조제1항에도 불구하고 일정기간 사용한 후 농지로 복구하는 조건으로 농지의 일시사용을 허가할 수 있는 용도를 조례로 정할 수 있다.

특화특구관할지방자치단체의 장은 특화사업을 위하여 필요하면 「농지법」 제37조에도 불구하고 농지의 전용(轉用)을 허가할 수 있다.

특화특구관할지방자치단체의 장은 「산림자원의 조성 및 관리에 관한 법률」 제9조제1항에도 불구하고 특화사업에 필요하면 산림소유자의 동의를 받아 임도(林道)를 설치할 수 있다. 다만, 같은 법 제9조제2항에 따른 산림관리기반시설의 타당성 평가는 산림청장이 제11조에 따른 협의를 할 때에 한다.

특화특구관할지방자치단체의 장은 제1항에 따라 임도를 설치한 경우에는 산림청장에게 통보하여야 한다.

산림청장은 특화사업을 위하여 필요하면 「국유림의 경영 및 관리에 관한 법률」 제20조에도 불구하고 국유림을 매각하거나 교환할 수 있다.

산림청장은 특화사업을 위하여 필요하면 「국유림의 경영 및 관리에 관한 법률」 제21조제1항에도 불구하고 국유림을 대부하거나 사용허가 할 수 있다.

제2항에 따른 대부 또는 사용허가를 받은 자는 「국유림의 경영 및 관리에 관한 법률」 제22조에도 불구하고 해당 국유림에 시설물을 기부하거나 시설물을 철거 또는 원상회복하는 조건으로 영구시설물을 설치할 수 있다.

제1항부터 제3항까지의 규정에 따른 국유림의 매각, 교환, 대부, 사용허가에 관한 기준, 그 밖에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

「농수산물 유통 및 가격안정에 관한 법률」 제17조제1항에도 불구하고 특화특구관할지방자치단체(구는 제외한다. 이하 이 조에서 같다)는 허가를 받지 아니하고 지방도매시장을 개설할 수 있다.

제1항에 따라 개설된 지방도매시장에 대하여 「농수산물 유통 및 가격안정에 관한 법률」을 적용할 때 같은 법에 따른 지방도매시장 개설자는 특화특구관할지방자치단체로 본다.

의료 관련 특화사업을 하는 특화사업자인 의료법인은 「의료법」 제49조에도 불구하고 대통령령으로 정하는 부대사업을 할 수 있다. <개정 2025.12.30>

「관광진흥법」 제12조의2제1항에 따른 외국인 의료관광 관련 특화사업을 하는 특화사업자 중 대통령령으로 정하는 기준을 충족하는 자는 「의료법」 제56조제2항제12호에도 불구하고 외국인환자를 유치하기 위하여 해당 특화특구에서 외국어로 표기된 의료광고를 할 수 있다. 다만, 환자의 치료 전후를 비교하는 사진ㆍ영상 등 외국인환자를 속이거나 외국인환자로 하여금 잘못 알게 할 우려가 있는 내용에 관한 광고는 하지 못한다. <신설 2025.12.30>

제2항에 따른 의료광고를 하려는 자는 미리 광고의 내용과 방법 등에 관하여 「의료법」 제57조제2항에 따른 기관 또는 단체의 심의를 받아야 한다. <신설 2025.12.30>

특화특구에서 특화사업을 위하여 필요하면 「장사 등에 관한 법률」 제27조제2항에도 불구하고 개장을 위한 통보기간을 2개월 이상으로 할 수 있다.

특화특구관할지방자치단체는 특화사업을 위하여 필요하면 「장사 등에 관한 법률」 제27조제5항에도 불구하고 공고에 관하여 필요한 사항을 조례로 달리 정할 수 있다.

도시ㆍ군관리계획안이 포함된 특화특구계획에 관하여 제7조에 따라 주민 등의 의견과 지방의회의 의견 등을 들은 경우에는 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제28조제1항 및 제5항에 따른 주민 등의 의견과 지방의회의 의견을 각각 들은 것으로 본다.

국토교통부장관은 특화특구가 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제8조제5항 각 호 외의 부분 본문에도 불구하고 중앙도시계획위원회의 심의를 거치지 아니할 수 있다.

특화특구관할지방자치단체는 특화사업을 위하여 필요하면 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제77조에도 불구하고 대통령령으로 정하는 범위에서 건폐율의 최대한도를 조례로 달리 정할 수 있다.

특화특구관할지방자치단체는 특화사업을 위하여 필요하면 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제78조에도 불구하고 대통령령으로 정하는 범위에서 용적률의 최대한도를 조례로 달리 정할 수 있다.

제3항과 제4항에 규정된 특례적용의 필요성과 세부내용 및 대통령령으로 정하는 사항은 특화특구계획에 포함되어야 하며, 이 경우 특화특구계획은 「국토의 계획 및 이용에 관한 법률」 제113조에 따른 해당 시ㆍ군ㆍ구도시계획위원회의 심의를 거쳐 작성되어야 한다.

제63조제1호 및 제4호에 따른 특화특구토지이용계획에 관한 결정(용도지역이 변경되는 경우로 한정한다)에 대해서는 제3항 및 제4항을 적용하지 아니한다. <신설 2025.12.30>

특화특구관할지방자치단체는 특화사업을 위하여 필요하면 「도시공원 및 녹지 등에 관한 법률」 제24조제3항에도 불구하고 도시공원을 점용할 수 있는 대상 및 점용의 기준을 조례로 달리 정할 수 있다.

특화특구관할지방자치단체는 특화사업을 위하여 필요하면 「도시공원 및 녹지 등에 관한 법률」 제27조제3항에도 불구하고 도시자연공원구역에서 할 수 있는 행위의 허가기준을 조례로 달리 정할 수 있다.

특화특구관할지방자치단체는 특화사업을 위하여 필요하면 「도시공원 및 녹지 등에 관한 법률」 제38조제3항에도 불구하고 녹지를 점용할 수 있는 대상 및 점용의 기준을 조례로 달리 정할 수 있다.

제1항부터 제3항까지의 규정에 따라 도시공원ㆍ도시자연공원구역 또는 녹지를 점용하거나 사용할 수 있는 대상은 국토교통부장관과 협의한 공익시설로 한정한다.